واپسین دغدغه‌ها و گفته‌ها
پیش از ورود به بخش اصلی مقال، مناسب است که به واپسین دغدغه‌ها و گفته‌های شهید آیت‌الله سیدمصطفی خمینی گوش بسپاریم. آیت‌الله محمدرضا ناصری، نماینده کنونی ولی فقیه در شهر یزد، دراین‌باره روایتی خواندنی دارد:
«حاج آقا مصطفی اواخر عمرشان بود که یک روز ما را به حضور خواستند. من، آقای فردوسی‌پور، آقای روحانی و یکی دیگر از آقایان هم بود. رفتیم پهلوی ایشان. در آن موقع، امام مریض‌احوال [بودند] و سردرد داشتند. اوضاع ایران هم در یک وضعی بود که کسی نمی‌توانست آینده را پیش‌بینی بکند. ایشان به ما فرمودند: دو تا خبر شنیدم؛ آنها را به شما می‌گویم تا مراقب باشید: یکی اینکه رژیم بنا دارد که طرفداران و نزدیکان آقا را ترور کند؛ دیگر اینکه می‌خواهند در قم کسی را عَلَم کنند که چهره‌ مقبولی داشته باشد و انقلابی نباشد و مرجعیت بعد از امام را به او بسپارند...».
 
بر آستان جانان
خادمه منزل شهید آیت‌الله سیدمصطفی خمینی ــ که صغرا خانم نام داشت ــ اولین فردی است که در میان اعضای بیت آن بزرگ، با پیکر بی‌جان وی مواجه شد و ماجرا را به همسر و نزدیکان وی اطلاع داد:
«شب آخر قرار بود برای آقا میهمان بیاید. چون دیروقت بود، ایشان آمدند و به من گفتند: صغرا برو بخواب، من خودم در را باز می‌کنم. من هم اول به حرم رفتم، نماز خواندم، زیارت کردم، بعد به خانه آمدم و خوابیدم. صبح که طبق معمول، صبحانه آقا را بالا بردم، دیدم آقا روی کتاب‌هایشان خم شده‌اند، فکر کردم که خوابشان برده است، صدایشان کردم و گفتم: آقا... آقا خوابتان برده ... که دیدم جواب نمی‌دهند و زیر چشمشان هم به رنگ خرما شده است. پایین رفتم و خانم ایشان را که مریض بود، صدا کردم و خودم هم به کوچه رفتم و فریاد زدم که: آقا مصطفی مریض شده است. در این هنگام آقای دعایی مرا دید و با یکی دو نفر دیگر به بالا آمد و آقا را به بیمارستان بردند و دیگر نمی‌دانم چه شد...».
 

شهید آیت‌الله سیدمصطفی خمینی (قم: 1342)

ماشین نمره تهران، در برابر بیمارستانی که فرزند امام بدان انتقال یافت!
زنده‌یاد حجت الاسلام والمسلمین سیدمحمود دعایی در میان اطرافیان امام خمینی، نخستین کسی است که از رحلت آیت‌الله سیدمصطفی خمینی اطلاع یافته است. وی در توصیف فضای حاکم بر آن ساعت‌های دشوار، چنین گفته است:
«آن روز صبح، من برای تهیه نان بیرون رفته بودم. هنوز آفتاب نزده بود، دیدم ننه صغرا ــ که بسیار مورد احترام ما بود ــ فریاد می‌کشد و پای برهنه می‌دود و به سرش می‌زند! من از دیدن این صحنه، بسیار متأثر شدم. پیرزن می‌گفت: خاک بر سرم شد، آقا بدو! من فوق‌العاده وحشت‌زده شدم و به ذهنم چیز دیگری آمد. گفتم: چی شده؟ گفت: آقا مصطفی مریض است. من نان را به دست کسی دادم و گفتم به خانه‌ام برساند و سراسیمه رفتم. دیدم که آن مرحوم پشت بر سجاده‌شان، دراز کشیده‌اند! ابتدا بسیار تلاش کردم تا با پزشکان بیمارستان نجف تماس بگیرم، ولی این توفیق را نداشتم و پزشک قابل و مطمئن نبود. بلافاصله خود را به بیمارستان رساندم. آنها آن‌قدر آمادگی نداشتند که یک آمبولانس بفرستند. این لحظات برای من بسیار سخت می‌گذشت. آنجا تصمیم گرفتم که این خبر را بدون اینکه ایجاد وحشت و نگرانی کند، به منزل امام برسانم. این طور خبرها را باید خیلی حساب‌شده و به‌اصطلاح با ظرافت به بستگان رساند. طلبه‌ای در آنجا بود. به او گفتم: به منزل امام می‌روی و فقط احمدآقا را خبر می‌کنی و می‌گویی خیلی فوری به منزل اخوی سر بزند! آن طلبه هم رفت و احمدآقا را صدا زد و ما موفق شدیم با یک تاکسی، که به زحمت می‌توانست به کوچه بیاید، ایشان را به بیمارستانی منتقل کنیم. متأسفانه در بیمارستان پزشک کشیک پس‌ از معاینات اولیه تشخیص داد که ایشان از دنیا رفته‌اند. با علائمی که روی پوست بدن وجود داشت، مشخص بود که مرگ طبیعی نبوده و ناشی از مسمومیت است. در خارج از بیمارستانی که حاج آقا مصطفی را به آنجا انتقال دادیم، یک ماشین نمره تهران بود که پس‌ از شنیدن خبر مرگ ایشان، به طرف بغداد حرکت کرد...».
 
تهدید فرزند امام پیش از شهادت
حجت‌الاسلام والمسلمین سیدحمید روحانی، مورخ انقلاب اسلامی، معتقد است که مأموران ساواک به شکل حضوری، پیش از شهادت آیت‌الله سیدمصطفی خمینی، به تهدید ایشان پرداخته‌اند. وی این باور خویش را به نکته‌ای مستند می‌کند که مستقیما از آن زنده‌یاد شنیده است:
«چند جریان هست که نشان می‌دهد رحلت آقا مصطفی عادی نبود: اولا اینکه حدود یک ماه قبل از شهادت، آقا مصطفی برای من و تعدادی از دوستان مثل آقایان محتشمی‌پور، فردوسی‌پور و...، ماجرایی را تعریف کرد و گفت: بعد از نماز مغرب و عشا، داشتم از حرم امیرالمومنین(ع) به منزل برمی‌گشتم. یادم آمد آقای جزایری (که از اوتاد بودند)، چند روزی در بستر بیماری است. راهم را به سمت منزل ایشان کج کردم و به عیادت وی رفتم. هنوز چند دقیقه‌ای از ورود من به منزل ایشان نگذشته بود که در زدند و گفتند: دو نفر ایرانی با شما کار دارند! من هم گفتم: بگویید بیایند. آن دو نفر وارد شدند. آقا مصطفی به آنها گفته بود: اینجا را از کجا پیدا کردید و از کجا فهمیدید من اینجا هستم؟ آنها جواب داده بودند که ابتدا به منزل شما رفتیم و چون آنجا نبودید، پرس‌وجو کردیم و گفتند شما به اینجا آمده‌اید. آن دو نفر دروغ می‌گفتند؛ چرا که آقا مصطفی، اصلا به منزل مراجعت نکرده بود و طبیعتا کسی هم از تصمیم ایشان مبنی بر عزیمت به منزل آقای جزایری اطلاع نداشت؛ لذا به احتمال بسیار، آن دو نفر از حرم، آقا مصطفی را تعقیب کرده بودند. خلاصه آن دو نفر حامل پیامی بودند. آقا مصطفی می‌گفت: یکی از آن دو نفر به من نزدیک شد و آهسته گفت: شما را خواهند کشت! ظاهرا این یک تهدید از طرف دربار بود که اگر رویه‌ات را ادامه بدهی، تو را از سر راه برمی‌داریم. وقتی آقا مصطفی این ماجرا را برای ما تعریف کرد، هیچ کدام از ما این قضیه را جدی نگرفتیم و حتی از ایشان نپرسیدیم که این ماجرا را برای امام هم تعریف کرده است یا نه؟ ثانیا: حاج آقا مصطفی در همان شبِ رحلت طبق برنامه همیشگی، بعد از زیارت و خواندن نماز مغرب و عشاء، به منزل امام رفته و با ایشان ملاقات کرده بود. نزدیکان می‌گویند: ایشان از لحاظ جسمی هیچ مشکلی نداشت و بسیار سرحال بود؛ ثالثا: نکته سوم در مورد شهادت ایشان این بود که وقتی جسد را به بیمارستان کوفه منتقل کردند، پزشک معالج بعد از معاینه، علائم مسمومیت را در جسد دیده و گفته بود برای اثبات این موضوع نیاز به کالبدشکافی است. اما حضرت امام اجازه ندادند و فرموده بودند: کالبدشکافی کنیم که چه چیزی ثابت شود؟ ضمنا کالبدشکافی یک نوع بی‌احترامی به میّت هم هست. این سه دلیلی است که تا حدی ثابت می‌کند حاج آقا مصطفی خمینی به شهادت رسیده است. بعضی‌ها هم می‌گویند یک ماشین با پلاک ایرانی مقابل بیمارستان ایستاده بود و به محض اینکه مشخص ‌شد حاج آقا مصطفی از دار دنیا رفته است، حرکت کرد و از بیمارستان دور شد. به نظر من، دلیل اینکه حدودا یک ماه قبل به حاج آقا مصطفی گفته بودند قرار است تو را بکشند، این بود که می‌خواستند از امام به نوعی زهر چشم بگیرند و نشان دهند که ما حرفی را که می‌زنیم عمل می‌کنیم...».
 
فردی که مظنون به قتل فرزند امام بود
حجت‌الاسلام محمد افشاری، از نزدیکان شهید آیت‌الله سیدمصطفی خمینی در نجف، درباره عامل مسمومیت ایشان، آدرس صریحی داده است. او بر این باور است که فردی که در شب آخر با فرزند امام ملاقات کرده است با حزب بعث و ساواک ارتباطاتی داشته است:
«بعد از فوت حاج آقا مصطفی، از مرگ ایشان به مرگ مشکوک تعبیر شد. افرادی از اطرافیان آقا مصطفی بودند که متهم به قتل ایشان بودند... یکی از آنها آقای سیدصالح قمی بود. ایشان همان شخصی است که تا ساعت 5/ 1 نیمه‌شب، با حاج آقا مصطفی بود و زمانی که ایشان از آقا مصطفی جدا می‌شود، آقا مصطفی فوت می‌کند! آقا مصطفی هم چون آدم خونگرمی بود، به بعضی از حرف‌ها و صحبت‌ها اهمیت نمی‌داد. با همه گونه افراد، نشست و برخاست داشت، اما سیدصالح قمی آدم درست و حسابی نبود. با بعثی‌ها روابط خاصی داشت و آدم خودفروخته‌ای بود. بعدها که به ایران می‌آید، محاکمه‌اش می‌کنند و خلع لباس می‌شود و خواستند که اعدامش کنند، اما فرزند حاج آقا مصطفی، یعنی حسین آقا، مانع می‌شود و نمی‌گذارد که اعدام کنند. می‌گفت: من می‌دانم که این شخص پدرم را نکشته است. این شخص با ساواک هم رابطه داشت و آدم منحرفی بود. او در عراق علیه خیلی از طلبه‌ها گزارش داده و آنها را گرفتار بعثی‌ها کرده بود! بر این اساس احتمال می‌دادند که در چایی آقامصطفی مواد سمی ریخته باشد. به‌هرحال این شخص در سال 1386 یا 1387 از دنیا رفت. ... بعد از مرگ مشکوک حاج آقا مصطفی، عده‌ای خواستند بدن ایشان را تشریح کنند، که حضرت امام اجازه‌ انجام این کار را ندادند...».
 
امام خمینی در سوگ فرزند
در این میان اما نحوه مواجهه امام خمینی با شهادت فرزند مجتهد و نام‌آور خویش، بس درس‌آموز می نمود. قدرت روحی و تسلط ایشان بر نفس، آشکار و عیان گشت و خویش را به همگان نشان داد. زنده‌یاد آیت‌الله سیدحسن طاهری خرم‌آبادی، دانسته‌های خویش دراین‌باره را به ترتیب پی‌آمده به تاریخ سپرده است:
«نقل مى‌کنند وقتى خبر شهادت حاج آقا مصطفى را به حضرت امام مى‌دهند، ایشان بدون هیچ گریه و زارى، فقط  انالله و انا الیه راجعون مى‌گویند و به دنبال کارهاى روزمره‌شان مى‌روند! وقتى که مى‌خواستند پیکر حاج آقا مصطفى را کالبدشکافى کنند، حضرت امام مانع از این کار شدند. بعد هم جنازه را غسل دادند و براى طواف به کربلا بردند و در روز دوم هم، جنازه را براى تدفین از کربلا به نجف آوردند. امام هم در تشییع جنازه‌ آقا مصطفى، همانند دیگر تشییع جنازه‌ها شرکت کردند. نمى‌دانم که امام تا کجا به استقبال جنازه رفتند، ولى در تشییع بسیار معمولى و مانند بقیه عمل کردند. ایشان تا صحن، جنازه را تشییع مى‌کردند و سپس به منزل مى‌رفتند. ظاهرا نماز میت را هم، مرحوم آقاى خویى بر جنازه‌ حاج آقا مصطفى خواندند. در جلسات ختم هم، امام مانند سایر جلسات ختم شرکت مى‌کردند. نقل مى‌کنند در همان شب اول یا دوم دفن حاج آقا مصطفى بود که امام بر سر قبرشان حاضر مى‌شوند. عده‌اى از طلاب هم امام را همراهی مى‌کنند و به آنجا مى‌روند. وقتى نزدیک قبر مى‌رسند: طلاب شروع به گریه مى‌کنند، اما حضرت امام مى‌فرمایند: فاتحه بخوانید، فاتحه بخوانید و به این شکل، از گریه کردن طلاب و همراهان ممانعت مى‌کنند. بعد از فاتحه‌خوانى هم به صورت خیلى عادى، به حرم مشرف مى‌شوند. صبر و استقامت و خویشتن‌دارى امام، بسیار عجیب بود. تسلط عجیبى بر نفس خود داشتند. این مسائل براى افراد عادى قابل هضم نیست، تا چه رسد که بخواهند خودشان آن را انجام دهند...».
 
مردم ایران معتقدند که مصطفی خمینی از سوی سیا مسموم شده است!
در یکی از اسناد سفارت آمریکا و چند روز پیش از رویداد تسخیر، اشارات صریحی در باب اعتقاد عمومی ایرانیان، به شهادت آیت‌الله سیدمصطفی خمینی توسط سازمان سیا و ساواک وجود دارد؛ برای نمونه در سند این سفارت در 24 اکتبر 1979 (2 آبان 1358)، چنین می‌خوانیم:
«چند تظاهرات دیروز در تهران برگزار شد که شامل گروه‌هایی بود که از مقابل سفارت عبور کرده و توقفی نداشتند. بعضی از شرکت‌کنندگان، شعارهایی ضد آمریکایی دادند و حامل پرچم‌هایی خطاب به آمریکا و پرزیدنت کارتر بودند. به‌هرحال این احساسات ضد آمریکایی، آشکارا در رابطه با هدف اصلی برخی از تظاهرکنندگان، جهت یادبود سالگرد مرگ فرزند بزرگ خمینی در چند سال پیش بوده است.
توضیح: به صورت وسیعی اعتقاد بر این است که مصطفی خمینی از سوی ساواک و عوامل سی.آی.ای مسموم شده است. بیانیه‌های ضد آمریکایی به نظر می‌رسد که مرتبط با اسطوره عامیانه مرگ مصطفی باشد نه ورود شاه ایران به آمریکا ـ پایان نظریه».
 

آیت‌الله سیدمصطفی خمینی در کنار امام خمینی (نجف: دهه 1340)

بازتاب شهادت فرزند امام، در شهر قم
شهید آیت‌الله سیدمصطفی خمینی، تولدیافته و بزرگ‌شده شهر مقدس قم بود؛ هم از این روی طبیعی به‌شمار می‌رفت که خبر رحلت وی در این شهر، بازتابی گسترده و نمایان داشته باشد. آیت‌الله قربانعلی دری نجف‌آبادی، نماینده کنونی رهبری در استان مرکزی، درباره این بازتاب‌ها در خاطرات خویش آورده است:
«انعکاس خبر شهادت نابهنگام فرزند دانشمند و مجاهد امام خمینی در شهر مذهبی قم، موجی از تأثر و تأسف پدید آورد و همگی به سوگ نشستند. یادم است که به مناسبت شب هفتم این مرحوم، مجلس باشکوهی از طرف جامعه مدرسین و فضلای حوزه علمیه قم، در مسجد اعظم قم برگزار شد. در این مجلس که شاید بیش از پنجاه‌هزار نفر شرکت نمودند، تمامی مراجع، مدرسین، فضلا، طلاب، دانشجویان، بازاریان و کسبه قم، تهران و سایر شهرستان‌‌های کشور حضور داشتند. بنده نیز به عنوان یکی از طلبه‌‌های این حوزه، در این مراسم، خیلی فعالیت و تلاش کردم و در اجرای برنامه‌‌های آن، تا حدودی نقش داشتم. علی‌رغم اینکه ساواک سعی داشت تا از وسعت دامنه مجالس و سخنرانی علما و فضلای دینی جلوگیری نماید، در این مراسم چند تن از بزرگان حوزه علمیه قم، از جمله آیت‌الله گیلانی، آیت‌الله ربانی املشی به منبر رفتند و به‌تفصیل درباره فقید سعید، مبارزه و رهبری امام خمینی و اعتراض به تبعید طولانی ایشان سخنرانی کردند. در این مراسم که حالت یک استیضاح برای دربار پهلوی داشت، بسیاری از مباحث و مسائل مختلف کشور مطرح گردید؛ از جمله اعتراض و انتقاد شدیدی نسبت به مسائلی چون: تغییر تاریخ شمسی به تاریخ شاهنشاهی، تأسیس حزب رستاخیز، وابستگی رژیم پهلوی به اسرائیل و آمریکا و موقعیت اسفبار زندانیان سیاسی و به طور کل اوضاع فرهنگی، اجتماعی و سیاسی کشور صورت گرفت...».
زنده‌یاد سیدمحمدنقی شاهرخی خرم‌آبادی نیز، درباره این بازتاب ها می‌گوید:
«در اوایل آبان سال 1356، ماجرای شهادت آقا مصطفی خمینی پیش آمد. بازتاب خبر شهادت ایشان در حوزه علمیه قم، بسیار گسترده بود. قرار شد برای آن مرحوم، مجلس ختمی گرفته شود. در آن ایام، رکود و سکوتی در کار مبارزه پیش آمده بود و حتی برخی‌ها به لحاظ ترس و وحشت از دستگاه طاغوت، قدری عقب‌نشینی کرده بودند؛ ازاین‌رو، از بردن نام امام خودداری می‌‌کردند، تا چه رسد به جلسه گرفتن برای فرزندشان و از این کار واهمه داشتند. به هر تقدیر، در نهایت قرار شد که در مسجد اعظم قم و در قسمت زیر گنبد، مراسمی به این منظور برگزار شود و این اتفاق افتاد. فردای آن روز هم جلسه دیگری برگزار گردید و آقای برقعی واعظ معروف قم، به منبر رفت و در سخنانش سنگ تمام گذاشت و چند بار از امام و فرزند ارجمندشان مرحوم آقامصطفی نام برد و از ایشان تجلیل کرد. جلسه مزبور، بسیار جالب و مؤثر بود و شوری در مردم به‌وجود آورد. به گمانم برای اولین بار، بعد از مدت‌‌ها سکوت و ترس و ملاحظاتی که وجود داشت، قفل و مهر سکوت از لب‌ها برداشته و شکسته شد و پس از آن به‌تدریج، مردم در محافل و مناسبات، به سردادن شعار اقدام می‌کردند و جرئت خوبی برای این منظور یافتند...».