بنابه نقل تمامی تذکره نویسان،مهم‌ترین تحول در زندگی حکیم متاله جناب جهانگیرخان قشقائی(اعلی الله مقامه الشریف) در چهل سالگی روی داد، سنی که عموماً سن بلوغ فکری و به کمال رسیدن عقل تلقی می‌شود. از امام صادق(ع) نقل شده است که مرد چون به چهل سالگی می‌رسد باید خود را دریابد، چون که دیگر مغرور نیست. به قول سعدی:« چو دوران عمر از چهل در گذشت/ مزن دست و پا  کابت از سر گذشت.»
 
چندوچون یک تغییر
در کتاب شعوبیه استاد قدسی از قول استاد جلال‌الدین همائی، نحوه آشنائی ایشان با حکیم قشقائی به تفضیل آمده است. در برخوردی که بین استاد همائی و حکیم قشقائی در اصفهان پیش می‌آید، حکیم قشقائی از ایشان سراغ یک سازنده تار خوب را می‌گیرد. مرحوم همائی این کار را می‌کند، منتهی در بین گفتگو متوجه هوش و ذکاوت سرشار حکیم قشقائی می‌شود و به ایشان می‌گوید حیف از این استعداد سرشار نیست که ضایع شود و هدر برود؟ چرا درس نمی‌خوانید؟ جهانگیرخان قشقائی پاسخ می‌دهد که اتفاقاً بسیار به این کار شوق و علاقه دارد. و این گونه است که ایشان با راهنمائی استاد همائی به مدرسه علمیه می‌رود و در سلک طالبان علم قرار می‌گیرد. البته، با توجه به اسناد و قرائن تاریخی، شخص ناصح، همای شیرازی است و نه استاد همائی.
 
انگیزه اصلی گرایش حکیم قشقائی به سلک اهل علم و معرفت، صفای باطن و فطرت پاک آن حکیم الهی است که اگر چنین نبود، امکان چنین تحولی در زندگی او ممکن نبود و اساساً کسانی در اثر امر به معروف، طریق حق و معروف را در پیش می‌گیرند که صاحب فطرت پاک هستند، و گرنه این امر بر جانشان گران می‌آید.
 
بلندای همت در40 سالگی
در بلندی همّت و بزرگ منشی حکیم قشقائی همین بس که بعد از چهل سالگی که قاعدتاً بخش اعظم نیروی جوانی از دست رفته و امکان تغییر و تحول در زتدگی بسیار ضعیف شده است، با همتی کم‌‌نظیر گام در جاده علوم دینی می‌نهد و به جایگاهی می‌رسد که رسید. امام صادق(ع) می‌فرمایند:« ارزش هر کس به میزان علو طبع و همت اوست.» عبرت نائینی درباره تحول حیرت‌انگیز حکیم قشقائی می‌نویسد:« در جوانی به موسیقی علاقه داشت و چندی هم مشق تار کرد. سپس برای تکمیل این فن به اصفهان رفت و در آنجا از مدرسه صدر خوشش آمد و صبح و عصر به آنجا می‌رفت. روزی درویشی که در کنار مدرسه دکان داشت، ورا خواند و از وطن و حرفه و نسب او جویا شد. جهانگیرخان شرح حال خود را با او در میان گذاشت. درویش به او گفت:« گیریم که در این فن فرابی وقت شدی، مطربی بیش نخواهی بود.» جهانگیرخان گفت:« نیکو گفتی و مرا از خواب غفلت بیدار کردی. بگو چه باید کرد که خیر دنیا و آخرت در آن باشد؟» درویش می‌گوید:« به نظر می‌آید که فضا و هوای این مدرسه را پسندیده‌ای. در آنجا حجره‌ای بگیر و به درس مشغول شو.گویند که جهانگیر‌خان همواره می‌گفت که من از نفس آن درویش و به یمن راهنمائی او به مقصود رسیدم.»
 
مهدی بامدد نیز می‌گوید:
در یکی از تابستان‌‌ها که ایل قشقائی به سمیرم آمده بود، جهانگیرخان هم برای خرید مایحتاج زندگی به اصفهان می‌آید و تار خود را هم که خراب شده بود برای تعمیر نزد یحیی ارمنی، تارساز معروف مقیم جلفا می‌بردو این اوست که به او می‌گوید دنبال کار بهتری برو و علم بیاموز که از تار زدن بسیار بهتر است. این سخن در جهانگیرخان تأثیر می‌گذارد و در مدرسه صدر حجره‌ای می‌گیرد و با عشق و علاقه‌ای مفرط به تحصیل علوم دینی می‌پردازد و به مرتبه‌ای می‌رسد که از بزرگان حکما و فقها و مدرسین اصفهان می‌شود.
 
مظفر قهرمانی در این باره می‌نویسد:
ستاره سعادت این مرد ایلیاتی آن زمان طلوع می‌کند که در عنفوان جوانی به عشق کسب هنر موسیقی و یاد گرفتن سه‌تار از ییلاق به اصفهان می‌رود و مشغول فرا گرفتن سه تار می شود. روزی در دکه استاد، چشمش به انبوه جمعیت می‌‌افتد که از مدرسه چهارباغ خاج می‌شوند و فردی معمم در پیشاپیش جمعیت در حرکت بوده است. از استاد می‌پرسد که آن فرد کیست و این مردم در پی او چه می‌کنند. استاد می‌گوید که آنها از نماز جماعت می‌آیند و آن آقا مجتهد و پیشنماز آنهاست. جهانگیرخان تحت تأثیر آن ابهت و جلال قرار می‌گیرد و از مشق سه تار منصرف می‌شود و ترک دیار می‌کند و در مدرسه علوم دینی به تحصیل علم می‌پردازد.
 
استادان حکیم درطریق تغییر
حکیم قشقائی در نمیه نخست عمر، شاخص‌ترین ثمره زندگی را کسب مال می‌دانست ولی در نیمه دوم روی به علم نهاد و تلاش کرد که از بقیه عمر خود نهایت استفاده را ببرد، از این روی به حلقه اهل علم درآمد که حاصل آن کسب علم و معرفت بود. زیبائی و حسن زندگی حکیم در این بود که مال را در جهت رفعت علم به کار گرفت و بخش اول زندگی را فدای نیمه دوم عمر کرد. امیرالمؤمنین(ع) فرمودند:« خیر آن نیست که مال یا فرزندانت زیاد شوند، بلکه خیر آن است که عمل صالح تو زیاد شود.»
 
حکیم قشقائی از محضر اساتید ارجمندی چند ادبیات عرب، حکمت، فلسفه، عرفان، فقه، اصول، ریاضی، هئیت و طب را آموخت و خود در تمام آنها استاد مسلم شد. بزرگ‌ترین استاد حکیم قشقائی، فیلسوف بزرگ و علامه کبیر آقا محمدرضا قمشه‌ای است. وی از حکما و عرفای بزرگ اصفهان بود که فلسفه را با مشرب عرفان درآمیخته و با ذوق سلیم خود زینت بخشیده بود. او زمستان‌ها را در اصفهان به سر می‌برد و تابستان‌ها به قمشه می‌رفت. در اواخر عمر در تهران زندگی می‌کرد و به تدریس اسفار، مصباح‌الانس، شرح فصوص الحکم محیی‌الدین عربی و شرح اشارات پرداخت.
 
حکیم قشقائی که سال‌ها شاگرد ایشان بود، می‌نویسد:« به شوق استفاده از محضر حکیم قمشه‌ای به تهران رفتم و همان شب اول، خود را به محضر حکیم او رساندم. لباس‌هایش علمائی نبود و به کرباس فروش‌ها تعلق داشت.»
 
استاد با شاگرد خودقرار می‌گذارد که در محلی خارج از تهران و در قهوه‌خانه‌ای به او اسفار درس بدهد. جهانگیرخان اسفار را با خود می‌برد و می‌بیند که استاد در خلوتگاهی روی حصیری نشسته است. کتاب اسفار خود را باز می‌کند و می‌بیند که استاد کتاب را از حفظ می‌خواند و سپس مطلب را شرح می‌دهد. جهانگیرخان از شدت شوق و ذوق از خود بی‌خود می‌شود.
 
از دیگر اساتید حکیم قشقائی مرحوم حاج ملا حسینعلی توسیرکانی، محقق فقیه جامع‌الشرایط از شاگردان شیخ محمدتقی تهرانی است که حوزه درس او در اصفهان شهرت به سزا و حوزه علمیه بسیار قوی‌ای داشت و اکثر مردم مقلد او بودند. از جمله تألیفات وی می‌توان به« رساله در رد اخباریه»، « نجات‌المؤمنین» در اخلاق و اصول، « حاشیه برجامع عباسی» و.... اشاره کرد.
 
استاد حکیم قشقائی حاج شیخ محمدباقر مسجد‌شاهی نجفی از علمای بزرگ اصفهان است. وی مقدمات علوم را در اصفهان فرا گرفت و پس از فوت پدر، به دستور مادر برای ادامه تحصیل به نجف رفت و از محضر بزرگان انجا بهره جست و به مقام اجتهاد رسید و به اصفهان بازگشت. حکیم قشقائی در عقلیات و سطوح از محضر مرحوم ملاحیدر صباغ‌لنجانی بهره گرفت. آخوند ملاحیدر مشهور به صباغ از حکمای معقول و سال‌ها در مدرسه صدر به تدریس مشغول بود. وی فقیه و اصولی و ریاضی با حافظه‌ای قوی و زهدی مثال زدنی بود.
 
استاد شرعیات حکیم قشقائی، میرزامحمدحسن نجفی، عالم و فقیه نامور اصفهان و امام جماعت مسجد ذوالفقار بود.
 
حکیم قشقائی در فنون عقلی شاگرد میرزاعبدالجواد حکیم و ملااسماعیل درب‌کوشکی واحدالعین، صاحب حواشی شوارق بود. البته سیدجلال‌الدین آشتیانی بعید می‌داند که میرزاجهانگیرخان، محضر میرزاعبدالجواد و ملااسماعیل را درک کرده باشد. اما از آنجا که میرزاعبدالجواد در سال1327 یعنی یک سال قبل از حکیم قشقائی فوت کرده بود، احتمال استفاده حکیم از محضر این استاد چندان بعید نمی‌نماید. همچنین ملااسماعیل در سال1304 از دنیا می‌رود و لذا چنین به نظر می‌رسد که حکیم قشقائی21 سال از حیات وی را درک کرده باشد.
 
حکیم قشقائی برمسند تدریس
حکیم قشقائی پس از آنکه خود جامع معقول و منقول و به خصوص در حکمت سرآمد شد در مدرسه صدر به تدریس پرداخت و بسیاری از بزرگان علم و ادب در محضر درسش حضور پیدا کردند. ایشان گاهی در شبستان مسجد جارچی درس می‌داد. روزهای پنجشنبه و جمعه، ریاضی و هئیت می‌گفت و گاهی نیز به تدریس نهج‌البلاغه می‌پرداخت و آن را با حکمت تحلیل می‌کرد و کتاب‌های اسفار، شفا و شرحمنظومه را با بیانی شیوا تدریس می‌کرد. فاضل تونی از جمله کسانی است که سومین دوره شرح منظومه را از ایشان فرار گرفته است.آیت الله حاج آقارحیم ارباب ازشاگردان مبرز حکیم قشقایی نوشته است: « هم اسفار، اشارات، مکاتب شیخ و شرح کبیر درس می‌دادند و جامع معقول و منقول بودند. به خصوص در شرح جمعه مباحثه می‌کردند و مرد پاک، خوب و متعبدی بودند. ایشان در ایام تعطیل ریاضیات تدریس می‌کرد و شاگردان زیادی داشت.»
 
حکیم قشقائی گاهی فقه تدریس می‌کرد و معمولاً پس از هر درس فقه، یک درس شرح منظومه حکمت و یک درس اخلاق می‌گفت. ایشان همه سطوح درسی حوزه در رشته‌های مختلف علمی، حتی رتبه عالی درس خارج را تدریس می‌کرد و مرحوم سیدابوالحسن اصفهانی رتبه عالی درس خارج ایشان را درک کرده بود.ایشان درس پرجمعیت خود را در ایوان شرقی مدرسه صدر دائر کرد و چون زمستان‌ها دشوار بود، حاج مهدی سمسار در آن قسمت برای استاد مسجدی را بنا کرد.مرحوم حاج شیخ‌عباس قمی درباره درس حکیم قشقائی می‌نویسد:« جهانگیرخان در علم و عمل به جائی رسید که از اقطار بلاد به حوزه درس او می‌آمدند.»
 
آقابزرگ تهرانی در این باب می‌نویسد:« جهانگیرخان چنان کوشید که به اعلی درجات علم دست یافت و از سایر بلاد به قصد استفاده از او به حوزه درسش شتافتند.»
 
آثار حکیم
شرح نهج‌البلاغه. مرحوم آقابزرگ تهرانی در کتاب طبقات الاعلام‌الشیعه به نقل از کتاب« تاریخ نجف و حیره» از این شرح نام برده است.جابری انصاری از شاگردان جهانگیرخان قشقائی می‌نویسد:« در مدرسه صدر خدمت آن بزرگوار نهج‌البلاغه می‌خواندم و شرحی بر آن کتاب مستطاب می‌نوشت».با این همه تاکنون شرح نهج‌البلاغه آن حکیم به دست نیامده است.
 
اشعار حکیم
سیداحمد دیوان‌بیگی‌شیرازی می‌نویسد:« ایشان در جوانی و قبل از ورود به حوزه علمیه گاهی شعر می‌گفت، اما پس از آن دیگر شعر نگفت. چند بار که اصرار کردم که از آن اشعار چیزی را که در خاطرشان مانده برایم بخوانند تا بنویسم، این چند بیت را فرمودند:
شمیم ساحت چین باد صبحدم دارد
مگر گذار بر آن زلف خم به خم دارد
به روزگار همین شادیم بس که دل
زعشق روی تو چون لاله داغ غم دارد.
 
آقای وحید دستگردی می‌گوید:« با اینکه چندین سال در محضر درس وی حاضر بودم، هرگز دعوی شعر و شاعری از وی نشنیدم و پس از رحلتش بود که از محرم‌ترین شخص نزد او، یعنی شیخ‌محمد حکیم از این امر آگاه شدم.»
 
رواج فلسفه به همت حکیم
استاد جلال‌الدین همائی می‌نویسد:« مرحوم قشقائی فلسفه را در اصفهان از تهمت خلاف شرع و بدنامی کفر و الحاد نجات داد، سهل است که چندان به این علم رونق بخشید که فقها و متشرعان نیز علانیةً با شوق و علاقه روی به درس فلسفه نهادند و آن را مایه فضل و مفاخرت می‌شمردند.»
 
آیت‌الله بروجردی برای علامه طباطبائی پیغام داده بودند که:« در زمان جوانی در حوزه علمیه اصفهان نزد مرحوم جهانگیرخان اسفار می‌خواندیم، ولی مخفیانه. چند نفر بودیم و خفیه به درس ایشان می‌رفتیم.»
 
حکیم قشقائی یکی از مدرسان بزرگ فلسفه ملاصدرا و در این زمینه شاگرد آقا محمدرضا قمشه‌ای بوده است. آقابزرگ تهرانی درباره بعد فلسفی ایشان می‌نویسد:« وی معقول و منقول را تحصیل کرد تا جائی که به اعلی درجات علمی رسید و در فلسفه غرق شد و این علم را با جد و کوشش فراوان فراگرفت و غوص علوم فلسفی را روشن کرد و تا جائی پیش رفت که نزدیک بود علوم فلسفی در وی منحصر گردد. شهرتش در ایران پیچید و طالبین فلسفه را به سوی خود جذب کرد و اهل علم از سایر بلاد برای فراگیری فلسفه به سویش شتافتند.»
 
شاگردان حکیم
ــ ملا محمدجواد آدینه‌ای، از بزرگ‌ترین مدرسین حکمت در حوزه اصفهان که خود شاگردان فراوانی داشت.
ــ سید محمدعلی ابطحی‌سدهی صاحب بیش از پنجاه تألیف ارزشمند از جمله رساله در نبوت، شرح فارسی برکفایه آخوند خراسانی و ....
ــ میرزا محمود ابن‌الرضا از علمای بزرگ خوانسار که علاوه بر تدریس فقه و اصول، درس اخلاق نیز داشت  و در خوانسار به تدریس و اقامه جماعت و تهذیب اخلاق جامعه پرداخت.
ــ آقا ضیاء‌الدین اراکی‌عراقی، استادی مسلم که در نجف برای طلاب دینی حوزه درسی را دایر و طلاب زیادی را جذب کرد. سطح تدریس وی چنان بود که گویند بیش از سیصد تن از دانشمندان و مجتهدین در درس او حاضر می‌شدند، از جمله آیت‌الله سیدمحسن حکیم، شیخ محمدتقی آملی، شیخ هاشم آملی، سید محمدکاظم عصار، سید محمدتقی خوانساری، آقا شیخ محمدتقی بروجردی.
ــ حاج آقا رحیم ارباب، از مجتهدین بارع و جامع این عصر در علوم عقلیه و نقلیه. وی بخش زیادی از سطوح عالیه فلسفه و حکمت، از جمله شرح اشارات و شفای شیخ‌الرئیس را نزد جهانگیرخان قشقائی آموخت.
ــ عبدالله اشراق که غیر از علوم دینی، در خوشنویسی نیز استاد بود.
ــ میرزا مصطفی جعفر‌طیاری.
ــ آسید ابوالحسن اصفهانی، از مراجع و علمای بزرگ.
ــ آیت‌الله حاج شیخ حسنعلی اصفهانی مشهور به نخودکی صاحب کرامات فراوان بی‌آنکه داعیة‌ی در این زمینه داشته باشد.
ــ میرزا محمدباقر امامی.
ــ حسین‌امین‌ جعفری‌دهاقانی.
ــ اسدالله ایزدگشسب.
ــ آیت‌الله العظمی بروجردی.
ــ شیخ علی بافقی.
ــ محمدحسن بیچاره‌بیدختی.
ــ میرزا مهدی بیدآبادی‌اصفهانی.
و عده بی‌شماری از بزرگان که در این فرصت مجال اشارت به آنان نیست.