محمدعلی رجایی رئیس‌جمهور و محمدجواد باهنر نخست‌وزیر در حدود ساعت 3 بعد از ظهر روز یکشنبه 8 شهریور 1360 بر اثر انفجار بمب بسیار قدرتمندی که در ساختمان نخست‌وزیری کار گذاشته شده بود، به شهادت رسیدند. مسعود کشمیری عامل بمبگذاری و شهادت این بزرگواران، نفوذی سازمان مجاهدین خلق، که مزورانه و منافقانه توانسته بود اعتماد شهید رجایی را به سوی خود جلب نماید، در آن برهه...

محمدعلی رجایی رئیس‌جمهور و محمدجواد باهنر نخست‌وزیر در حدود ساعت 3 بعد از ظهر روز یکشنبه 8 شهریور 1360 بر اثر انفجار بمب بسیار قدرتمندی که در ساختمان نخست‌وزیری کار گذاشته شده بود، به شهادت رسیدند. مسعود کشمیری عامل بمبگذاری و شهادت این بزرگواران، نفوذی سازمان مجاهدین خلق، که مزورانه و منافقانه توانسته بود اعتماد شهید رجایی را به سوی خود جلب نماید، در آن برهه سمت دبیری امنیت ملی را بر عهده داشت.
 
این واقعه درست دو ماه پس از آن رخ داد که آیت‌الله دکتر سید محمد حسینی ‌بهشتی و بیش از ۷۰ تن از چهره‌های سیاسی و اجرایی عضو حزب جمهوری اسلامی در انفجار دفتر این حزب ترور شده و به شهادت رسیده بودند. شهید رجایی هنگام شهادت ۴۸ سال سن داشت. او پس از پیروزی انقلاب ابتدا سمت وزارت آموزش و پرورش را برعهده داشت و سپس در سال ۱۳۵۹ به نمایندگی مردم تهران وارد مجلس شورای اسلامی شد. در ۲۰ مرداد ۱۳۵۹ به نخست‌وزیری و پس از عزل بنی‌صدر از مقام ریاست جمهوری در انتخابات دوم مرداد ۱۳۶۰ با کسب بیش از ۱۳ میلیون رأی مردم به عنوان دومین رئیس جمهوری اسلامی ایران انتخاب شد.
 
باهنر نیز هنگام شهادت ۴۸ ساله بود. او پس از پیروزی انقلاب مسئولیت‌هایی از جمله عضویت در شورای انقلاب، نمایندگی مردم کرمان در مجلس خبرگان، نمایندگی مردم تهران در مجلس شورای اسلامی، وزارت آموزش و پرورش (در کابینه شهید رجایی) و دبیرکلی حزب جمهوری اسلامی (پس از شهادت دکتر بهشتی) را برعهده داشت. او پس از انتخاب رجایی به ریاست‌جمهوری، از سوی وی به نخست‌وزیری جمهوری اسلامی ایران برگزیده شد.
 
انفجار و شهادت
                                                                                                                                                                 کمال، پسر سیزده ساله رجایی از دور شاهد شعله‌های آتش بود. او با حالی آشفته به مادرش تلفن کرد و ماجرا را با او در میان گذاشت تا همسر شهیدرجایی خودش را برساند پیکرهای خونین و سوخته رجایی و باهنر را به بیمارستان منتقل کردند. شدت انفجار به حدی بود که ابتدا هیچ‌کس نتوانست کشته شدگان را شناسایی کند. جنازه‌ها را به بیمارستان انقلاب منتقل کرده و پیکر شهید رجایی را در سردخانه قرار دادند. هیچ‌کس نمی‌دانست که این پیکر سوخته، بدن شهیدرجایی است. به فکر یکی از اطرافیان او رسید که از روی دندان‌ها می‌توان فهمید که پیکر سوخته، بدن شهید رجایی است یا خیر؟ اما سوختگی آن‌چنان بود که دهان رجایی به سادگی باز نمی‌شد. لحظاتی بعد یکی از پزشکان از راه رسید و پس از شستن لب‌ها با آب اکسیژنه، دهان را باز کرد و دندان‌ها دیده‌ شد، اما باز هم کسی او را نشناخت. همسر شهید رجایی به بیمارستان آمد و در سردخانه پیکر سوخته شهید‌ رجایی را شناسایی کرد.  
اطلاعیه خانواده شهید محمدعلی رجایی رئیس‌جمهور
                                                                                                                                                                                                                                                              بسم‌الله ‌الرحمن‌الرحیم
محمدعلی رجائی مقلد امام و فرزند ملت به عهد و پیمانی که با خدای خویش بسته بود وفا کرد و به کاروان شهدای اسلام و انقلاب اسلامی پیوست. «واوفوا بعهد الله اذا عاهدتم» رجایی این سرباز اسلام و انقلاب که طعم فقر و محرومیت را چشیده بود و هنوز نقش آثار داغ و شکنجه زندان‌های منحوس پهلوی از پیکر او محو نشده بود، در مبارزه بی‌امان خویش علیه ظلم و جور و استکبار، علیه شرک و کفر و الحاد تا پای جان ایستاد و با خون خود، نهال انقلاب اسلامی ایران را آبیاری کرد و به خدا پیوست. اینک ای امت شهیدپرور و انقلابی ایران، فرزند شما محمدعلی رجایی، که شما با رأی قاطع خود او را به ریاست‌جمهوری اسلامی ایران برگزیده و با انتخاب او به ریاست جمهوری به جریانات انحرافی و سازش‌کارانه خط بطلان کشیدید در راه انجام وظیفه‌ای که به عهده او گذاشته بودید شهید شد. او خود را به حق فرزند ملت می‌دانست و اینک خانوادة‌ وی شهادت او را به امام ملت بزرگ و انقلابی ایران تبریک و تسلیت می‌گویند و تو ای امام بزرگوار، دعا کن که خدا خون این شهید را که از میان مردم محروم و مستضعف جامعه برخاست و در راه حفظ و حراست حقوق محرومان و مستضعفان جامعه و استقرار حاکمیت اسلام شهید شد از امت مسلمان و شهیدپرور ایران بپذیرد و اینک ما، همسر و فرزندان و خانواده شهید رجایی، امروز در اجتماع دانشگاه حاضر می‌شویم تا یک بار دیگر با امام و امت مسلمان انقلابی ایران در ادامه راه شهیدان تجدید بیعت کنیم. در اهتزاز باد پرچم خونین اسلام، پرطنین باد بانگ آسمانی الله‌اکبر، به امید پیروزی اسلام و مسلمین.
خانواده شهید محمدعلی رجائی
 
گزارش لحظه به لحظه روزنامه اطلاعات از واقعه
روزنامه اطلاعات فردای آن روز در گزارشی با عنوان «گزارش لحظه به لحظه از انفجار بمب در نخست‌وزیری» نوشت:
                                                                                                                                                       حادثه انفجار در ساعت ۳ بعدازظهر دیروز روی داد و در این ساعت، آقایان محمدعلی رجایی رییس جمهوری و دکتر محمدجواد باهنر نخست‌وزیر و چند تن از مقامات نظامی و امنیتی کشور در یک جلسه فوق‌العاده شرکت داشتند. در پی انفجار بمب که گفته می‌شود در داخل یک کیف دستی جاسازی شده بود، قسمت‌هایی از طبقه اول و طبقه دوم ساختمان نخست‌وزیری در مجاورت خیابان پاستور دچار حریق شد و آتش و دود فضای محل انفجار را فرا گرفت. در این حادثه محمدعلی رجایی رییس جمهور و دکتر محمدجواد باهنر نخست‌وزیر و چند تن از مقامات مملکتی که در جلسه مذکور حضور داشتند به درجه رفیع شهادت نایل شدند و مجروحان حادثه با کمک ماموران و پرسنل نهادهای انقلابی به بیمارستان‌ها انتقال یافتند و تحت مراقبت‌های درمانی و پزشکی قرار گرفتند.  
 به گزارش خبرنگاران اطلاعات که در اولین لحظات پس از وقوع انفجار در محل نخست‌وزیری حاضر شدند با تلاش گسترده ماموران آتش‌نشانی، شهربانی، کمیته‌ها، سپاه و گروهی از مردم آتش خاموش شد و تعدادی از افراد که در زیر آوار مانده بودند از زیر آوار خارج شده و به بیمارستان انتقال یافتند. جنازه چند شهید نیز از زیر آوار خارج گردید که به علت شدت سوختگی قابل شناسایی نبود. بر اساس گزارش‌ها لحظاتی پس از اطفاء حریق، ماموران انتظامی حاضر کنترل نظم را بر عهده گرفتند و پیکر پاک شهدا از محل نخست‌وزیری با آمبولانس و هلی‌کوپترهای نظامی خارج شد.
 
به گزارش خبرنگاران ما از محل حادثه تعداد مجروحین و شهدا تا ساعت ۱۲شب، ۸ شهید و ۲۳ مجروح گزارش شده بود. خبرنگار ما طی این گزارش اشاره کرد که از این تعداد مجروحین تنی چند از مقامات مسئول مملکتی هستند که عبارتند از آقایان سرهنگ وحید دستگردی سرپرست شهربانی جمهوری اسلامی ایران، سرهنگ سیدموسی نامجو وزیر دفاع و نماینده امام در شورای عالی دفاع، تیمسار شرف‌خواه جانشین فرمانده نیروی زمینی، سرهنگ وصالی، سرهنگ اخیانی رییس ستاد ژاندارمری جمهوری اسلامی ایران، سرهنگ کتیبه‌ای نماینده ستاد مشترک ارتش و عده‌ای از کارکنان نخست‌وزیری و چند عابر که در لحظه انفجار بمب از مقابل ساختمان عبور می‌کردند.
 
مجروحان بلافاصله با کمک امت و نهاد‌ها و امدادگران به بیمارستانهای فیروزگر، مصطفی خمینی، انقلاب، سوانح سوختگی، سینا، امیراعلم و امام خمینی انتقال داده شدند و تحت عمل جراحی قرار گرفتند. از این عده مجروحین تعدادی سرپایی مداوا شدند و بیمارستان را ترک کردند. بقیه مجروحین در بیمارستانها بستری هستند. یک پیرزن عابر که از مقابل ساختمان نخست‌وزیری می‌گذشت زیر آوار ماند و شهید شد. ضمنا گزارش شد که در این حادثه تعدادی دست و پای قطع شده توسط ماموران و نهاد‌ها جمع‌آوری شد. بعد از انفجار بمب دو فروند هلی‌کوپتر بر فراز نخست‌وزیری برای اطفای حریق و حمل اجساد و مجروحان به پرواز درآمدند و پس از خروج تدریجی مجروحین از ساختمان، امدادگران آتش‌نشانی با کمک پرسنل ارتش جمهوری اسلامی ایران به پاکسازی منطقه مشغول شدند.
 
یک شاهد عینی به خبرنگار اطلاعات گفت: پس از انفجار ناگهان دود غلیظی توام با آتش از طبقه اول و دوم ساختمان نخست‌وزیری به چشم خورد و پس از مدتی ماموران و عده‌ای از مردم که در نزدیکی ساختمان نخست‌وزیری بودند با فریاد «الله اکبر» به طرف نخست‌وزیری دویدند. از طرف دیگر ماموران آتش‌نشانی و سپاه و کمیته‌ها و شهربانی نیز در محل حاضر شدند و برای نجات مجروحین به تلاش پرداختند. وی افزود: این حادثه دست کمی از فاجعه ۷ تیر دفتر مرکزی حزب جمهوری اسلامی نداشت.
 
یکی از کارمندان قسمت آبدارخانه نخست‌وزیری که از ناحیه دست مجروح شده بود هم درباره واقعه انفجار گفت:  وحشتناک بود! در طبقه دوم داشتم به طرف آبدارخانه می‌رفتم که صدای وحشتناکی تنم را لرزاند و بلافاصله زبانه‌های آتش را دیدم که از اطاق کنفرانس به بیرون تنوره می‌کشید. از وحشت نمی‌دانستم چه کنم. هرچه سعی کردم فکرم را متمرکز و ببینم چه اتفاقی رخ داده است موفق نشدم، چون دود غلیظی تمام سالن طبقه دوم را فرا گرفته بود. از وحشت از طبقه دوم به اتفاق یکی دیگر از همکارانم به کوچه کنار نخست‌وزیری پریدیم، و در این موقع بود که دستم مجروح شد، وقتی در کوچه مقداری بر اعصابم مسلط شدم، صدای «الله اکبر» را از داخل ساختمان همراه با شکستن شیشه‌ها می‌شنیدم، نمی‌دانستم چه کنم، هنوز آتش‌نشانی نیامده بود، وقتی ماموران آتش‌نشانی رسیدند و آتش را خاموش کردند به درون ساختمان رفتیم و به کمک امدادگران پرداختیم.
 
یکی از پاسداران محافظ نخست‎وزیری هم گفت: بیرون ساختمان نخست‌وزیری مشغول پاسداری بودم که صدای انفجاری شنیدم سراسیمه خود را به نزدیک در ورودی خیابان پاستور رسانیدم و متوجه شدم که چند تن از امرای ارتش در حالی که یکی از آن‌ها خون از سرش جاری بود از پله‌های نخست‌وزیری به پایین می‌دویدند، و از طرفی صدای «الله اکبر» نیز که از داخل ساختمان شنیده می‌شد، مرا متوجه ساخت که کسانی احتیاج به کمک دارند. بلافاصله خود را به طبقه‌ای رساندم که آتش‌سوزی از آنجا جریان داشت و در همانجا پایم نیز زخمی شد، اما فوری محل را ترک کردم و پایین آمدم و در همین زمان بود که ماموران آتش‌نشانی به محل رسیدند و به انجام عملیات خاموش کردن آتش پرداختند.
 
اجساد شهدای این فاجعه به صورتی سوخته بود که به هیچ وجه شناسایی آنها ممکن نبود. از سوی دیگر در میان زخمی‌های این حادثه اثری از برادران رجایی و باهنر به چشم نمی‌خورد و بدین ترتیب حدس زده می‌شد که دو جسد از سه جسد به دست آمده متعلق به رییس جمهور و نخست‌وزیر باشد. بالاخره در آخرین ساعت شب پیکرهای قربانیان حادثه ۸ شهریور از روی علائمی که در دندانهای هر کدام از آنها وجود داشت شناسایی شدند.
   
روند فاجعه 8 شهریور 1360
پس از فاجعه انفجار هفتم تیر و حضور گسترده مردم در حمایت از رهبری و نظام جمهوری اسلامی، سازمان مجاهدین خلق در تداوم اقدامات تروریستی خود، ابتدا تلاش کرد امکان بمب گذاری در بیت امام را بیابد و بعد از ناکامی در این قصد شوم، رئیس‌جمهور و نخست‌وزیر را هدف قرار داد. حجت‌الاسلام سیداحمد خمینی در این باره چنین گفته است:
                                                                                                                                                ... آن شخص که با منافقین کار می کرد، یعنی کشمیری بنا بود یک چمدان مواد منفجره را بیاورد و در کنار حضرت امام بگذارد، در زمانی که ریاست‌جمهور، رئیس مجلس و نخست‌وزیر و وزرا خدمت حضرت امام می‌آمدند ... از محل سه راه بیت حضرت امام آمدند، گفتند: آقای کشمیری با یک ساک هست (همراه رئیس‌جمهور و نخست‌وزیر و وزرا) که در آن ساک وسایل و چیزهایی که بناست یادداشت کنند قرار دارد ... گفتم:‌ نه ما به دلیل ممنوعیت ورود هر گونه کیف و بسته اجازه نمی‌دهیم ... کشمیری از ترس این که نکند آن چمدان را در محل حفاظت سه راه بیت بگذارد و خودش بیاید، در آنجا بچه‌های حفاظت بیت به آن ساک مشکوک شوند و مسئله روشن شود، به عنوان اعتراض همراه کیفش برگشت. همان کیف در نخست‌وزیری جلوی مرحوم رجایی و باهنر گذاشته شد و آنجا را منفجر کرد و این دو شهید بزرگوار را از دست ما گرفتند.  
در خاطرات آیت‌الله هاشمی رفسنجانی که در آن زمان ریاست مجلس شورای اسلامی را برعهده داشت، در مورد واقعه انفجار نخست‌وزیری چنین نگاشته شده است:
                                                                                                                                                                              یکشنبه 8 شهریور 1360 ، 29 شوال، 30 آگوست: جلسه علنی داشتیم و لایحه بازسازی مطرح بود، ساعت سه بعد از ظهر هنگامی که عازم رفتن به جلسه علنی بودم، صدای انفجاری شنیدم. معلوم شد در نخست‌وزیری بوده، ‌دود و آتش بلند شد. از پنجره دفترم نگاه کردم، گفتند اتاق جلسات دولت است. فوراً خبر رسید که جلسه شورای امنیت بوده و آقایان رجایی و باهنر هم حضور داشته‌اند. یک ربع بعد، بهزاد نبوی آمد، که خودش در نخست وزیری بوده، سخت ناراحت و شوکه بود، گفت: آقایان باهنر و رجایی شهید شده‌اند و عده‌ای نجات یافته‌اند ... خبرهای متناقض می‌رسید‌،‌ عده‌ای مدعی بودند که بعد از انفجار آقایان رجایی و باهنر را در حال انتقال به بیمارستان زنده دیده‌اند و عده‌ای می گفتند: اشتباه می‌کنند، آنها در آتش سوخته اند. رئیس شهربانی سرهنگ وحید دستگردی، معاون ژاندارمری سرهنگ ضیایی و معاون نیروی زمینی تیمسار شرفخواه و سرهنگ کتیبه مجروح و بستری بودند. یوسف کلاهدوز مسئول سپاه پاسداران و خسرو تهرانی سالم در آمده بودند، تهرانی کمی سوخته بود.  
سرهنگ کتیبه یکی از بازماندگان جلسه مزبور که در آن زمان رئیس اداره دوم ارتش بود مشاهدات خود را از لحظات انفجار چنین شرح داده است:
                                                                                                                                                                                                        جلسه در آن روز در ساعت 3 بعدازظهر در دفتر کنفرانس نخست‌وزیری تشکیل شد. من موقع ورودم به اتاق کنفرانس مشاهده نمودم که آن خائن از خدا بی خبر (کشمیری) در حال ورود به جلسه است ... شهید رجایی جلسه را با سوره والعصر شروع کردند ... در جلسات شورای امنیت معمولاً مسئولین گزارشات وقایع هفتگی خود را عنوان می‌کنند ... در همین لحظات که بحث و گفتگو در جلسه ادامه داشت من ناگهان احساس کردم همین طور که روی صندلی نشسته بودم بی‌اراده سرپا ایستاده و تمام صورتم و مخصوصاً پیشانی‌ام به شدت می‌سوزد. مثل این که باروت یا بنزین روی صورت و سرم ریخته باشند. پیشانی‌ام به شدت می‌سوخت و آتش از سر و رویم بالا می‌رفت ... چشمم را باز کردم دیدم اتاق را دود قهوه‌ای رنگ غلیظی پوشانده و اتاق تاریک است. آن میز بزرگی که میز کنفرانس بود مثل این که ذوب شده و در زمین فرو رفته بود ... مسئله‌ای که برای من اهمیت دارد شدت انفجار بود که ما صدای آن را در آن لحظه نشنیدیم، پرده‌های گوش افرادی که آنجا بودند تمام پاره شده بود... کشمیری با قیافه حق به جانب آن قدر خود را نزدیک کرده بود که واقعاً‌ ما احساس می‌کردیم یکی از نزدیکترین افراد به آقای رجایی است.  
مهندس بهزاد نبوی وزیر مشاور در امور اجرایی نیز همان زمان مشاهدات خود را اینگونه بیان نمود:
                                                                          حدود ساعت 3 بود که من در اتاقم صدای انفجاری را شنیدم، از پنجره به حیاط نخست وزیری نگاه کردم، دیدم از یکی از اتاقها آتش و دود بیرون می آید. همراه با دو سه نفر از برادرانی که آنجا بودند به سرعت به طبقه پایین آمدیم. دیدیم که انفجار در یکی از اتاقها صورت گرفته و تعدادی از افرادی که در اتاق حضور داشته و خراشهای سطحی برداشته بودند خود از اتاق بیرون آمدند.  
اجساد شهدای فاجعه به حدی سوخته بود که به هیچ وجه شناسایی آنها ممکن نبود، از سوی دیگر در میان زخمی‌های این حادثه اثری از رجایی و باهنر به چشم نمی‌خورد و بدین جهت حدس زده شد که دو جسد از سه جسد سوخته شده متعلق به رئیس‌جمهور و نخست‌وزیر می‌باشد. در ساعات آخر و شبانگاه همان روز، اجساد توسط نزدیکان از روی علائمی که در دندان‌های هر یک از آنها بود مورد شناسایی قرار گرفت.
 
روز دوشنبه 9 شهریور از سوی شورای موقت ریاست‌جمهوری تعطیل و تا آخر هفته نیز عزای عمومی اعلام شد. ساعت 10 صبح همین روز تشییع جنازه اعلام شده بود که بیش از یک میلیون نفر در آن شرکت کردند. جمعیت مزبور جلو مجلس تجمع کرد و چند تن از نمایندگان و شخصیت‌های سیاسی و نظامی سخنرانی کردند.
 
آیت‌الله هاشمی ‌رفسنجانی درباره شدت انفجار نوشته است: «جنازه‌ها را که به سالن مجلس آوردند مشاهده کردم، سخت سوخته بودند، ‌آقایان باهنر و رجایی را فقط از دندانهای طلای جلوی دهان و آسیای‌شان می‌شد تشخیص داد. علامت دیگری نمانده بود، مقداری گوشت هم در کیسه نایلونی کرده بودند به عنوان فرد دیگری به نام مسعود کشمیری، منشی جلسه.»
 
دفتر نخست وزیری محل برگزاری جلسه شورای امنیت نظام بوده که با حضور رئیس جمهور، نخست وزیر، مسئولان رده بالای ارتش، سپاه، ژاندارمری و شهربانی و سایر نیروهای امنیتی برگزار می شده است و حدود چهارده نفر در این جلسه شرکت داشته اند. مرحوم "سید رضا زواره‌ای" نحوه نشستن افراد در صندلیهای اطراف میز مستطیلی را در آن دقایق شرح داده و گفته است:
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       در روز انفجار نخست‌وزیری آرایش نیروهای حاضر در نشستن به این شکل بود که رئیس‌جمهور در صدر میز و در سمت چپ او نخست‌وزیر، بعد صندلی وزیر کشور، بعد رئیس شهربانی و بعد نمایندگی نیروهای مسلح در دو طرف میز، در سمت راست رئیس جمهوری، مکان منشی جلسه قرار داشت که «کشمیری» در آن روز روی آن صندلی نشست و کیف بمب را در کنار پای خود نزدیک به «شهید رجایی» کار گذاشت. «کشمیری» نمی‌بایست در آن جلسه شرکت کند و در صورت شرکت احتمالی هم باید در انتهای ضلع طولی چپ میز یعنی تقریباً آخرین فاصله از رئیس‌جمهور و نخست‌وزیر می‌نشست ولی در جلسه و قبل از انفجار بمب او در مکان کنار رئیس‌جمهور که جای نشستن مسئولان اطلاعات و تحقیقات نخست‌وزیری یعنی «خسرو تهرانی» بود جا گرفت. پشت صندلیهای نخست‌وزیر، وزیر کشور، رئیس شهربانی، در ورودی و خروجی جلسه بود که در کنار در با کمی فاصله فلاسکهای آب‌جوش و چای و تعدادی استکان و ندانستم که جای رئیس جمهور و نخست وزیر در کجای میز است قبل از این که به آن محل برسم شهید کلاهدوز و آقای تهرانی را دیدم که جراحات مختصری برداشته و در حال خروج از سالن بودند. آقای تهرانی به من گفت، من مشکلی ندارم برو سراغ رجایی و باهنر. از درون سالن دیگر نمی‌شد وارد شد چون آتش و دود اجازه نمی‌داد، لذا قصد کردم از روی دیوار اتاق بغلی که در اثر انفجار فرو ریخته بود وارد سالن شوم که باز هم به خاطر دود و آتش امکان پذیر نبود. به کسانی که آنجا بودند گفتم نردبان بیاورید از پنجره بیرون وارد شویم، اما چون ارتفاع طبقه اول زیاد بود، باید اتومبیل آتش نشانی می‌آمد، ده دقیقه‌ای طول کشید تا آتش‌نشانی آمد. مرحوم چهپور ــ رئیس شرکت واحد آن زمان ــ از پله‌ها رفت بالا. من و پسر شهید رجایی توی حیات ریاست‌جمهوری بودیم. مرحوم چهپور اشاره کرد که کار تمام است و متأسفانه رجایی و باهنر هر دو سوخته‌اند.چون ساختمان نخست‌وزیری آتش گرفته بود، حفاظت مرا به دفتر آقای رفسنجانی در مجلس هدایت کرد. هیئت دولت بلافاصله در دفتر آقای هاشمی تشکیل جلسه داد.    آیت‌الله خامنه‌ای در 26 مرداد 1361 طی مصاحبه‌ای به خاطرات خود در باره شهادت رجایی و باهنر چنین اشاره کرده‌اند:
                                                                                                                                                                                                          من بیمار بودم، تازه از بیمارستان خارج شده بودم، در منزلى در حدود نیاوران استراحت مى‌کردم و در جریان اوضاع و احوال هم قرار مى‌گرفتم؛ مرحوم شهید رجایى و شهید باهنر و برادران دیگر (می‌آمدند و) مسائل را با من در میان مى‌گذاشتند. لیکن خود من شرکت فعالى در جریانات نمى‌توانستم داشته باشم.  
در این اواخر تدریجاً حالم بهتر شده بود، گاهى در جلسات شرکت مى‌کردم، کمااین‌که در شب قبل از حادثه؛ در جلسه‌اى در اتاق خود مرحوم رجایى شرکت کردم و راجع به مسائل مهم مملکتى صحبت مى‌کردیم. بنابراین دور بودم از محل حادثه (انفجار) و بعدازظهر هم بود، من هم بیمار بودم و خوابیده بودم، از خواب که بیدار شدم از بچه‌هاى پاسدار، برادرهایى که پهلوى من بودند یک زمزمه‌هایى شنیدم. گفتم چیه؟ گفتند که یک بمب در نخست‌وزیرى منفجر شده است. گفتم که کى آن‌جا بوده؟ گفتند که رجایى و باهنر هم بودند، من فوق‌العاده نگران شدم، با حال بسیار ضعیف و ناتوانى که داشتم خودم را رساندم پاى تلفن، نشستم، بنا کردم این‌جا آن‌جا تلفن کردن، اما خبرها همه متناقض و نگران کننده بود. یکى مى‌گفت که حالشان خوب است، یکى مى‌گفت زنده بیرون آمدند، یکى مى‌گفت جسدشان پیدا نشده، یکى مى‌گفت توى بیمارستانند و من تا اوائل شب که خبر درستى به من نرسیده بود در حالت فوق‌العاده بد و نگرانى به سر مى‌بردم، تا بالأخره مطلب برایم روشن شد.
 
احساسات من در آن موقع طبیعى است که چه احساساتى بود. دو دوست عزیز و قدیمى، دو انقلابى، دو عنصر طراز اول جمهورى اسلامى را از دست داده بودیم و من شدیداً احساس خسارت مى‌کردم، احساس ضایعه مى‌کردم، احساس غم مى‌کردم و از طرفى احساس خشم نسبت به آن کسانى که عاملین این حادثه بودند مى‌کردم و همین بود که فردا صبح زود با این‌که خیلى بى‌حال بودم پا شدم، سوار ماشین شدم، آمدم براى تشییع جنازه به مجلس، و با این‌که اطبا همه من را منع مى‌کردند که من شرکت نکنم و دخالت نکنم، دیدم طاقت نمى‌آورم که شرکت در مراسم نکنم، آمدم آن‌جا روى ایوان جلوى مجلس و یک سخنرانى‌اى هم با کمال هیجان کردم که دور و ور من را دوستان گرفته بودند که نبادا من بیفتم، از بس هیجان داشتم. به‌هرحال براى من بسیار حادثه‌ تلخى بود، یعنى شاید بتوانم بگویم تلخ‌ترین حادثه‌اى بود که تا آنروز من دیده بودم، زیرا حادثه‌ هفت‌تیر که مى‌توانست براى من تلخ‌تر باشد هنگامى اتفاق افتاده بود که من آن روز بیهوش بودم و نمى‌فهمیدم، بعد تدریجاً با این حادثه ذره ذره آشنا شدم و اطلاع پیدا کردم، اما این حادثه‌ ناگهانى به خصوص بعد از حادثه‌ هفت تیر براى من شاید تلخ‌ترین حادثه‌اى بود که تا آن روز براى من پیش آمده بود.
 
با تصویب شورای ریاست ‌جمهوری، مسئولیت نظارت بر تحقیق در مورد فاجعه انفجار نخست‌وزیری که بهزاد نبوی پیگیری می‌کرد، بر عهده آیت‌الله ربانی ‌املشی دادستان کل کشور قرار گرفت. امام خمینی (ره) طی یک سخنرانی در روز دهم شهریور ماه 1360 در حسینیه جماران در مورد رعایت اکید قوانین توسط مسئولان امنیتی و قضایی نکات مهمی بیان کرد.
 
روزنامه جمهوری اسلامی در همان زمان خبر خبرگزاری پارس به نقل از فرانس پرس را منتشر ساخت که طی اطلاعیه‌ای در لندن، سازمان مجاهدین خلق مسئولیت انفجار نخست‌وزیری را بر عهده گرفت. این خبر نه در آن زمان و نه در سال‌های بعد، چندان مورد اشاره و استناد واقع نگردید و گویا ناشی از عدم‌هماهنگی با دفتر سازمان در لندن و یا تعجیل خبرگزاری فرانسه، به‌طور ناخواسته انتشار یافته بود که با توجه به عواقب حقوقی و بین‌المللی آن به‌سرعت نادیده گرفته شد و تکذیب گردید . البته قرائن و شواهد متقن و اعتراف صریح مسعود رجوی در دیدار با رئیس سازمان اطلاعات رژیم صدام حسین، به روشنی اثبات نموده که همانند انفجار هفتم تیر، سازمان مجاهدین خلق مجری فاجعه تروریستی انفجار هشتم شهریور در ساختمان نخست‌وزیری بوده است. 12 سال بعد یک نشریه آمریکایی فاش ساخت که عملیات تروریستی مذکور را سازمان جاسوسی آمریکا (سیا) طراحی و برنامه ریزی نموده و عاملان آنها در واقع مأموران سیا بوده اند.

درباره مسعود کشمیری قاتل شهیدان رجایی و باهنر 
خلاصه بیوگرافی مسعود کشمیری، عامل بمب‌گذاری در دفتر نخست‌وزیری و شهادت محمدعلی رجایی رئیس‌جمهور و محمدجواد باهنر نخست‌وزیر، در کتاب خاطرات حجت‌الاسلام ری‌شهری به‌شرح ذیل می‌باشد:
                                                                                                                                                                                        مسعود کشمیری فرزند سعید، با شماره شناسنامه 401 متولد 1329 از کرمانشاه دارای مدرک لیسانس علوم اداری و مدیریت بازرگانی از دانشگاه تهران بود که از تاریخ 23/5/51 تا اواخر سال 1353 با قراردادهای شش‌ماهه به عنوان کارآموز در وزارت کار و امور اجتماعی شاغل بوده است. وی قبل از پیروزی انقلاب در یک شرکت خارجی (انگلیسی) کار می‌کرد و با پیروزی انقلاب و بازگشت خارجیان به کشورشان، شرکت مذکور منحل گردید و بنابر اظهارات خودش پس از پیروزی انقلاب در جهاد سازندگی کار می‌کرده است. وی قبل از انقلاب توسط پسر دایی خود معدوم ابوالفضل دلنواز (برادر همسرش) جذب منافقین شد. ابتدا در بحثهای خانوادگی از منافقین حمایت می‌کرد، لیکن به مرور زمان چهره‌ای حزب‌اللهی و حمایت از نظام را یافت. مدتی در نیروی هوایی شاغل می‌شود و تا دبیر شورای امنیت ملی ارتقای شغلی پیدا می‌کند، بعد از انفجار دفتر نخست‌وزیری از بازرسی از منزل مسعود در شهرستان کرج مقادیر زیادی سلاح و مهمات و اسناد طبقه‌بندی کشف شد. پدر مسعود بازنشسته شرکت نفت بود که در سال 1377 به علت سرطان در انگلیس فوت و دفن شد.  
سرهنگ مهدی کتیبه از اعضای حاضر در جلسه شورای امنیت که جان سالم به در برده است، در باره کشمیری می‌گوید: 
                                                                                                                                                                       در اواخر سال 57 از طرف نخست‌وزیری عده‌ای را برای حفظ اسناد و مدارک سری و طبقه‌بندی شده در ارتش مأمور کردند. از جمله این افراد آقای کشمیری بود که با دست‌خط رسمی رئیس دفتر نخست‌وزیر وقت یعنی مهندس بازرگان به ارتش معرفی شده بود تا حفاظت از اسناد و مدارک نیروی هوایی را بر عهده گیرد. رئیس دفتر نخست‌وزیر آقای بازرگان، شخصی بود به نام آقای خلیلی، بدین ترتیب کشمیری به کلیه اسناد سری و طبقه‌بندی شده نیروی هوایی، ضد‌ اطلاعات و حفاظت اطلاعات دسترسی پیدا می‌کند. ایشان تا کمی قبل از انفجار نخست‌وزیری در نیروی هوایی بود و با آقای محمد رجبی و داداشی که آنها هم از نخست‌وزیری معرفی‌نامه داشتند در ستاد مشترک فعالیت اطلاعاتی و ضد‌اطلاعاتی انجام می‌دادند. کشمیری به این صورت وارد تشکیلات نظامی گردید و بعد از مدتی کارش را در نیروی هوایی رها کرد و به شورای امنیت آمد، او قیافه حق به جانبی داشت، با ریش محرابی، قشنگ و صورت سرخ و سفید موجه که هر کس که ایشان را می‌دید، فکر می‌کرد حتی نماز شبش نیز ترک نمی‌شود.  
اکبر تهرانی اظهار داشته است:
                                                                                                             مسعود کشمیری فرزند سعید متولد 1329 در کرمانشاه، او دارای مدرک لیسانس علوم اداری و مدیریت بازرگانی از دانشگاه تهران می‌باشد، پدر او کارمند بازنشسته شرکت نفت بود که در سال 1377 به علت سرطان در انگلستان فوت و دفن شده او قبل از انقلاب به وسیله پسردایی خود به نام ابوالفضل دلنواز، که برادر همسرش بود، که در درگیری مسلحانه معدوم شد، جذب سازمان منافقین گردید، ابتدا در بحث‌های خانوادگی از آن‌ها حمایت می‌کرد، لیکن به مرور زمان چهره‌ای حزب‌اللهی و حامی جمهوری اسلامی به خود گرفت، و در کار خود کمی پیچیده‌تر عمل کرد، وی پس از انقلاب نیز همچنان عضو سازمان منافقین بوده و اسامی مستعاری هم چون (حنیف) و (مجیب) داشته است.  
 کشمیری از ام‌الخبائثانی بود که ام‌الفسادی را هم با خود داشت، و به‌قدری نقش خود را خوب بازی می‌کرد که هیچ‌ کس نمی‌توانست به او شک نماید. از این‌رو نام او غالباً همراه با ریا و تزویرهایش بود، وی حتی دو خودکار در جیب داشت، که یکی برای نوشتن کار بیت‌المال و دیگری برای کار شخصی بود.
 
پس از انفجار نخست‌وزیری در نتیجه بازرسی از منزل وی، در مهرشهر کرج و آریاشهر، مأمورین با بزرگترین انبارهای اسلحه و مهمات روبه‌رو شدند، و احراز گردید که افراد سطح بالای منافقین در این منازل به تشکیل جلسه می‌پرداخته‌اند، همسر وی مینو دلنواز هم از اعضاء فعال منافقین بوده است، که هم‌اکنون به همراه او متواری می‌باشد.
 
در نامه منتشره یکی از قهرمانان عملیات ویژه (امضا محفوظ) در نشریه مجاهد که واقعیات زیادی در آن پیدا بود(و قراین و شواهد متقن نشان می‌دهد نویسنده نامه مسعود کشمیری بوده است)، مسئولیت مستقیم سازمان را در این‌گونه فجایع عریان‌تر ساخت. در این نامه چنین آمده است:
                                                                                              نامه زیر از سوی یکی از قهرمانان عملیات ویژه مجاهدین ارسال شده است که به دلایل امنیتی آن را با امضای محفوظ منتشر می‌کنیم. عنوان قهرمان مجاهد خلق که توسط رهبری سازمان تصویب می‌شود،‌ در دوران حیات یک مجاهد تنها به خواهران و برادرانی اطلاق می‌شود که در عملیات و اقدامات استثنایی یا فوق‌العاده خطیر آزمایش رشادت و جانبازی و خلاقیت داده باشد.  
1. محل کار کشمیری (قبل از نهاد نخست وزیری):
من بنابه مسئولیتم سالها ... در مقاطع مختلف در حساس‌ترین ارگانهای اصلی اطلاعاتی رژیم بوده‌ام.
2. نفوذ کشمیری به نخست‌وزیری.
خطوط قسمتی که به آنجا نفود کرده بودم (شورای امنیت کشور) برای همه ارگانهای رژیم اعم از دادستانی،‌ کمیته ها، سپاه، آموزش و پرورش، جهاد سازندگی، جهاد دانشگاهی، وزارت ارشاد و رادیو و تلویزیون در آن مقطع لازم‌الاتباع بود.
3.‌ مسئولیت کشمیری در مورد مبارزه با نفوذیهای سازمان.
یک بار خودم فضای به خصوصی را در ... (نخست‌وزیری) فراهم نمودم و متعاقباً‌ ترتیب تشکیل یک جلسه ویژه را دادم. بالاترین مهره‌های اجرایی رژیم به ... (نخست‌وزیری) احضار شدند،‌ از طریق چند تن از آنها که قبلاً‌ با هم صحبت کرده بودیم، مسئله چک برخی افراد و این که نفوذی مجاهدین نباشند را مطرح کردم و بعداً خودم نیز وارد شده و نظراتی دادم.
4. طرح فرار و تعویق انفجار نخست‌وزیری.
یادم می‌آید در اوایل مرداد 60 که سازمان در آستانه اجرای یک طرح مشخص بود، ناگهان ... (مسئول سازمانی و رابط کشمیری با تشکیلات) تماس گرفت و به من گفت: طرح اجرا نمی‌شود و آن را به تعویق انداخت. او در وقت خداحافظی ضمناً به من گفت: ‌مژده‌ای هم برایت دارم که اگر بدانی شور و عشق و ایمان بیشتری پیدا می‌کنی. هر قدر فکر کردم این مژده چه می‌تواند باشد عقلم به جایی نرسید... با خود فکر می‌کردم ممکن است ابلاغ عضویت باشد یا مژده پیروزی عملیات دیگری در سازمان یا... نمی‌دانم.
چند روز بعد از این دستور صبح که به ... (نخست‌وزیری) رفتم ... گفتند: دیشب رجوی و بنی صدر با هواپیمایی به خلبانی معزی در فرودگاه پاریس به زمین نشسته است ... خیلی خوشحال شدم، داخل اتاقم آمدم،‌ در را از پشت قفل کردم و سجده شکر به جای آوردم.
5. مسئولیت کشمیری در مورد کشف و بمباران ایستگاه رادیو مجاهد.
در همان ایام که آغاز کار رادیو بود ... در ابتدا مسئله از طرف رفسنجانی و نخست‌وزیرشان پیگری می‌شد. وقتی پارازیت مسئله را حل نکرده بود، اقدامات جدی‌تری را می‌خواستند به مرحله اجرا بگذارند، هیئتهایی از مخابرات، سپاه، رادیو و تلویزیون، ارتش و نیروی هوایی برای یافتن محل فرستنده تلاش می‌کرده‌اند.
گزارشات ارسالی برای ... (شورای امنیت کشور) که به‌دست من می‌رسید حاکی بود که مسئله اصلی یافتن محل فرستنده رادیوست. شورای عالی دفاع در یکی از گزارشات خودش نظر داده بود که ... اولویت را به شناسایی محل فرستنده می‌دهد.
6. طرح انفجار در نخست‌وزیری.
در تاریخ ... بعد از مدتها برادر قهرمانم (مهدی افتخاری) به خانه ما آمد. همه از دیدنش به‌خصوص در جو خفقان و تنهایی خاص ما،‌ خیلی خوشحال شدیم. نمی‌دانستیم چه هدیه گرانبهایی برایم آورده است. او گفت: اگر سازمان تصمیم بگیرد که طرح ... (انفجار در نخست‌وزیری) را به اجرا در آورد، تو چه طرحی داری؟ من هیچ طرحی را بهتر از انجام عمل فدایی ندیدم و بلافاصله طرح را گفتم اگر چه هیچ وقت سازمان به خودم اجازه عمل فدایی را نداد، اما در آن لحظه که طرحم را گفتم، هیجان‌زده شده بودم. از مدت‌ها قبل روی این امر فکر کرده بودم و آن را اوج کار و ایفای مسئولیتم می‌دانستم.
 
 
بنابه نقل یکی از مسئولان ذیربط آن زمان در جریان پیگیری تعقیب کشمیری،‌ رد فرار همسرش و عوامل سازمان از یک خانه تیمی در نظام آباد تهران به دست آمد که در کرج و قزوین امتداد داشت.
 
وقتی که مأموران به محلهای تردد و اختفای آنان می‌رسیدند آنها قبلاً آن مکانها را تخلیه کرده بودند، ولی به دلیل تعجیل در فرار مدارکی از آنها به دست می‌آمد. از جمله اسنادی که نشان می‌داد همسر کشمیری به همراه مهدی افتخاری در یکی از خانه‌های تیمی بوده‌اند و مسیر فرار آنها از سمت غرب کشور در کردستان بوده و خروج از طریق مرز عراق و سپس ترکیه صورت گرفته است.
 
مسعود رجوی که در مواردی با اشاره و کنایه از انفجارهای هفتم تیر و هشتم شهریور به عنوان اقدامات سازمان یاد کرده، تعبیر "مجازات رجایی و باهنر" را در باره انفجار نخست‌وزیری به‌کار برده و کینه خود را در باره آن دو آشکار ساخته است.

شهید محمدعلی رجایی دو هفته پیش از شهادت در یک پیام تلویزیونی تحلیل مشروحی از سوابق و عملکرد سازمان ارائه نمود. وی که خود پیش از انقلاب به دلیل همکاری با رهبران اولیه سازمان سالها زندان و شکنجه سخت را متحمل شده بود چنین گفت:
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   سازمان مجاهدین در زندان حرف‌شان این بود که درست است که ما شعار مبارزه با امپریالیسم می‌دهیم، درست است که با رژیم شاه می‌جنگیم، درست است که با ساواک باید جنگید، ولی قبل از هر چیز با مسلمانانی که امام خمینی را به عنوان رهبر این انقلاب قبول دارند،‌ باید با آنها جنگید. باید از روی جنازه آنها رد شد و به آن مبارزه بعدی رسید. این تفکر آنها بود و ما در زندان به روشنی می‌دیدیم که با مارکسیست‌ها متحد می‌شوند و بر علیه ما می‌جنگند ... پس از پیروزی انقلاب سازمان از هر فرصتی استفاده می‌کرد که دست کم 3 چیز را برای خودش آماده بکند، یکی از آنها اسلحه بود. به محض این که مردم ما در انقلاب پیروز شدند، اینها به انواع وسایل متوسل شدند برای جمع آوری اسلحه ... برای روزی که در نظر داشتند. بعد از جمع آوری اسلحه دوم این که شروع کردند به جمع‌آوری امکانات مالی و تدارکاتی. از بردن ماشین‌های دولتی گرفته تا بردن پول‌های نقد و اسناد و تصرف اماکن. که مدت‌ها طول کشید تا مردم توانستند این اماکن را که آنها به زور گرفته بودند از آنها پس بگیرند. به موازات این دو کار چیزی که برای همه ما تعجب آور باشد، سوم این که اینها شروع کردند به شناسایی شخصیت‌هایی که ممکن است در آینده این انقلاب نقش داشته باشند. اخیراً یکی از خانه‌های تیمی که به دست شما مردم لو رفته و تصرف شده، در آنجا اسنادی را دیدیم که حتی کسانی را که در مدرسه رفاه (محل استقرار امام پس از 12 بهمن 57) مشغول خدمت بودند، شناسایی کرده اند و برای هر کدام یک کارت مشخصات درست کردند. پس از این موقع اینها به فکر بودند که هر چه زودتر یک نبردی را با نیروهای مؤمن واقعی شروع کنند و بنابراین آنچه که آن موقع در زندان می‌گفتند، آرزوی عبور از جنازه ما در رسیدن به مبارزه بعدی را تحقق بخشند ... سازمان مجاهدین با عملکردی که در این دو سال و نیم دارند خط خودشان را نشان دادند ... ای سازمان آیا در این دو سال و نیم شد که یک آمریکایی را بکشی؟ و بگویید که ما ضد آمریکایی هستیم! آیا در عرض این دو سال و نیم شد که یک ساواکی را بکشی؟ آیا شد که یک سرمایه‌دار صهیونیست استثمارگر را بکشی و بیایی بگویی که انقلابی هستی؟! اما بهشتی را کشتی، این موضع‌گیری تو است. و تو ای سازمان بدان که منفور هستی و مردم قلب‌شان، تمام رگ‌هایشان به بهشتی‌ها پیوند دارد، ولی تو کوری و نمی‌بینی.    شهید رجایی در بخش دیگری از سخنان خود خطاب به اعضا و هواداران سازمان اظهار داشت:
                                                                                               واقعاً برای من که تا حدودی چند سال با محمد حنیف‌نژاد، با رضا رضایی و احمد رضایی بودم ... هر وقت تصور می‌کنم که شما به عنوان عضو سازمان مجاهدین می‌بینید که مسعودتان نخست‌وزیر بنی‌صدر شده و از اینجا به فرانسه فرار کرده، آنجا جبهه متحد ضدانقلاب را دارد سازمان می‌دهد، چگونه خوابتان می‌برد؟ واقعاً تعجب می‌کنم ... روی این مسئله فکر کنید که آیا شما می‌توانید در تاریخ جواب این حرکت را بدهید؟ شما می‌توانید بگویید که کشتن (آیت‌الله) خامنه‌ای برای شما لازم‌تر از کشتن یک آمریکایی یا یک ساواکی یا یک اسرائیلی بوده است؟  
مسعود رجوی در یکی از دیدارهای محرمانه خود با مقامات اطلاعاتی و امنیتی رژیم بعث عراق به مسئولیت مستقیم سازمان در عملیات 7 تیر و نیز انفجار هشتم شهریور اذعان کرده است. رجوی در دیدار با ژنرال حبوش رئیس سازمان امنیت صدام، در سال 1378 هنگامی که به برخی تبلیغات موجود در رسانه های غربی آن زمان علیه سازمان اشاه می‌کند، سابقه روابط نزدیک خود با غربی‌ها و از جمله اطلاع مقامات ارشد آمریکا و فرانسه‌ از دو عملیات مذکور را یادآوری می‌کند. متن سخنان رجوی چنین است: «همان‌گونه که اطلاع دارید من در سالهای 1981 تا 1986 در پاریس بودم، در آن سالها دشمنی به اینگونه با ما نبود و به ما تروریست نمی‌گفتند. هر چند که کاخ سفید و کاخ الیزه می‌دانستند. با کاخ الیزه هم ارتباط داشتیم، می‌دانستند که چه کسی حزب جمهوری را در ایران منفجر کرد و چه کسی و چرا عملیات علیه رئیس‌جمهوری و علیه رئیس‌الوزرای ایران انجام داد. آنها می‌دانستند و خوب هم می‌دانستند ولی صفت تروریست هم به ما نزدند.
 
فیلم این ملاقات و سایر دیدارهای مقامات اطلاعاتی و امنیتی عراق با رجوی به طور مخفیانه ضبط شده بود که پس از سقوط رژیم صدام و دسترسی مردم به آرشیوهای مراکز اطلاعاتی، قسمت‌هایی از آنها به خارج منتقل شد که در قالب یک کتاب توسط گروهی از جداشدگان سازمان در لندن انتشار یافت.
 
در بیانیه رسمی وزارت خارجه آمریکا در باره سازمان که در سال 1373 صادر شد، رسماً به مسئولیت سازمان در انفجار هشتم شهریور تصریح شده است:
                                                                                                           طبق گزارشات در تاریخ 30 اوت (8 شهریور) مجاهدین در جلسه شورای امنیت ملی رژیم ایران بمب‌گذاری نمودند که منجر به کشته شدن رئیس‌جمهور جدید محمدعلی رجایی و نخست‌وزیر جدید وی، محمدجواد باهنر گردید .... مجاهدین صورت مجزا و منفرد مسئولیت برخی اقدامات تروریستی را که فکر می‌کردند نتیجه آنها باعث تقویت وجهه آنها می‌شد بر عهده گرفتند ... به‌رغم عدم پذیرش رسمی مسئولیت انفجارهای 7 تیر و 8 شهریور، ولی یادآوری این مسئله مهم است که مجاهدین به‌خصوص در اوایل دهه 1980 (دهه 60 شمسی) هم تمایل و هم توان انجام مقاصد خشونت‌بار خویش را داشتند.

آیت‌الله هاشمی ‌رفسنجانی یک روز بعد از تشییع جنازه میلیونی 8 شهریور، در مورد رفتار متناقض سازمان در قبال پذیرش مسئولیت انفجار و تکذیب اطلاعیه دفتر لندن سازمان توسط دفتر پاریس چنین گفت:
                                                                                                                                                                                                                      قضیه دیروز (9 شهریور 60) مسئله را خیلی روشن کرد. دیروز صبح خوب شما می‌دانید ما ساعت 7 صبح اعلام کردیم که رئیس‌جمهور وقت و نخست‌وزیر شهید شده اند. هیچ تبلیغ و پروپاگاندی هم برای کشاندن مردم به خیابان‌ها نداشتیم و خیلی‌ها به ما اعتراض می‌کردند که خوب یک فرصتی به مردم می‌دادید برای اطلاع رسانی و تجمع ... ما سه ساعت وقت داشتیم ... شما دیدید که چه جور مردم آمدند .... رادیو لندن هم که همیشه حقایق را تحریف می‌کند مجبور می‌شود خیلی که دست کم بگیرد، بگوید که بیش از یک میلیون نفر جمعیت شرکت کردند ... دیروز هیچ کس نگفت، امام هم نگفته بودند، تبلیغ هم نشده بود،‌ ائمه جماعت هم نگفته بودند، رادیو هم نگفت مردم بیاید. مردم خودشان بودند، این مردمند و این جامعه است، دشمن هر چه کور باشد این را می‌فهمد و می‌بیند. ضد‌انقلاب (سازمان) با خاطر همین وضعی که می‌بیند جرأت اعلام رسمی عملیات خودش را هم نمی‌کند. یک چنین عملیاتی اگر... کمی ارزش مردمی داشت برای ثبت در تاریخ هزار بار بزرگ می‌کردند و مسئولیتش را می‌پذیرفتند. در لندن شاخه مجاهدین خلق اعلام می‌کند که ما بودیم، رجوی فراری در پاریس می‌گوید ما نبودیم، یعنی وضع چنین است که باز مجبورند منافقانه حتی با این کارشان هم برخورد کنند، اعلام مسئولیتش را هم نمی‌توانند بکنند.  
شهید حجت‌الاسلام دکتر محمدجواد باهنر در باره خط شهادت و نقش آمریکا در حوادث تروریستی توسط سازمان این‌گونه بیان کرده بود: «ملت ما بیش از هر زمان از خط شهادت برای منکوب کردن دشمن و در هم ریختن توطئه‌ها نیرو گرفته است ... ما سر نخ این توطئه‌های تروریستی را امپریالیسم آمریکا می‌دانیم.»
 
بسیاری از گروهها و افراد مخالف جمهوری اسلامی در خارج از کشور به تصریح یا به کنایه از اقدامات تروریستی سازمان به ویژه دو انفجار هفتم تیر و هشتم شهریور ابراز خوشحالی و حمایت کردند و آن را مقدمه نابودی نظام سیاسی کشور محسوب می‌کردند. اما مدتها بعد از شکست استراتژی سازمان هنوز کسانی بودند که سازمان را به خاطر عملیات ویژه‌اش می‌ستودند. از جمله کریم سنجابی دبیرکل جبهه‌ ملی که پس از فرار از کشور در طول اقامت در پاریس در تابستان 61 توسط رجوی به همکاری رسمی با سازمان دعوت شد و ارتباطهایی با برخی از مسئولان سازمان و شورای ملی مقاومت داشت، در خاطرات خود به رغم آن که بر مشی مسلحانه انتقاد وارد می‌کند، از دو عملیات انفجار 7 تیر و 8 شهریور و چند ترور دیگر تمجید می‌کند و سازمان را به خاطر این اقدامات تروریستی می‌ستاید: «مبارزات و جانفشانی‌های مجاهدین علیه دستگاه جابر و جاهل و ارتجاعی و ایران بر باد ده آخوندها، غیرقابل‌انکار است. ظاهراً آنها بودند که با یک ضربت تاریخی شبانه مرکز حزب جمهوری‌ اسلامی را ویران و بهشتی... با جمع کثیری از وزیران و سردمداران آنها را نابود کردند. آنها بودند که با توطئه سازمان داده دیگری رجایی رئیس‌جمهور و باهنر نخست‌وزیر را از بین بردند.»

 
پیام و بیانات امام خمینی
امام خمینی در دیدار با خانواده های شهیدان باهنر و رجایی چنین بیان داشتند: «من نمی‏دانم من به شما تسلیت بگویم یا شما به من. این آقایان متعهد به اسلام و مفید برای جامعه بودند. آنچه که موجب تسلی است این است که کار برای خدا است و چیزی که برای خدا است محفوظ است. امید است راهی که آنها رفتند ما هم برویم.»
 
امام خمینی در دیدار با اقشار مختلف مردم در حسینیه جماران، در سوگ شهیدان رجایی و باهنر، چنین بیان داشتند:
                                                                                                                                                            بسم الله‏ الرحمن الرحیم منطق ملت ما، منطق مؤمنین، منطق قرآن است:اِنا لله‏ِ وَ انّا اِلَیهِ راجِعُونَ. با این منطق، هیچ قدرتی نمی‏تواند مقابله کند. جمعیتی که ـ ملتی که ـ خود را از خدا می‏دانند و همه چیز خود را از خدا می‏دانند و رفتن از اینجا را به سوی محبوب خود، مطلوب خود می‏دانند، با این ملت نمی‏توانند مقابله کنند. آن که شهادت را در آغوش، همچون عزیزی می‏پذیرد، آن کوردلان نمی‏توانند مقابله کنند. اینها یک اشتباه دارند و آن اینکه شناخت از اسلام و شناخت از ایمان و شناخت از ملت اسلامی ما ندارند. آنها گمان می‏کنند که با ترور شخصیتها، ترور اشخاص، می‏توانند با این ملت مقابله کنند؛ و ندیدند و کور بودند که ببینند که در هر موقعی که ما شهید دادیم ملت ما منسجم‌تر شد.
 
گرچه خود واقعه و خود این افرادی که شهید شده‏اند در نظر همۀ ما عزیز و ارجمندند؛ و آقای رجایی و آقای باهنر هر دو شهیدی که باهم در جبهه‏های نبرد با قدرتهای فاسد همجنگ و همرزم بودند. و مرحوم شهید رجایی به من گفتند که من بیست سال است که با آقای باهنر همراه بوده‏ام و خداوند خواست که باهم از دنیا هجرت کنند و به سوی او هجرت کنند.
 
من در عین حال که شهادت این دو بزرگوار برای من بسیار مشکل است، در عین حال، می‏دانم که آنها به رفیق اعلی متصل شده‏اند و برای آنها آرامش هست و این‏طور گرفتاریهایی که الآن برای ما هست، دیگر برای آنها نیست و آنها رسیدند به مطلوب خودشان و از این جهت، به آنها و به خانواده‏های آنها و ملت اسلامی تبریک عرض می‏کنم که چنین شهدایی تقدیم می‏کنند. در عین حالی که مصائب اینها مشکل است برای ما، لکن کشور ما و ملت ما با تمام قدرت ایستاده‏اند تا همچو شهدایی تقدیم کنند و هیچ راه عقب‏نشینی ندارند و فکر نمی‏کنند به سستی. آن کوردلانی که گمان کرده‏اند که جمهوری اسلامی با نبود چند نفر از بین خواهد رفت و سقوط خواهد کرد، آنها افکارشان، افکار اسلامی نیست و از اسلام خبری ندارند و از ایمان اطلاعی ندارند و افکارشان، افکار مادی[است] و برای دنیا کار می‏کنند و به هوای دنیا هستند.
 
جمهوری اسلامی ما وضعی دارد که خود ملت یک فردی را می‏آورند و خود ملت یک فردی را کنار می‏گذارند و خود ملت[اگر]فردی شهید شد، به جای او باز یکی را انتخاب می‏کنند و خود را از دولت می‏دانند و دولت را از خود می‏دانند و خود را از رئیس جمهوری مکتبی می‏دانند و رئیس جمهوری مکتبی را از خود می‏دانند. از این جهت، ولو اینکه رئیس جمهور شهید بشود، نخست‏وزیر شهید بشود و هر مقامی شهید بشود ملت ما هیچ خم به ابرو نمی‏آورند و کسان دیگر را به جای آنها انتخاب می‏کنند.
 
با رفتن شهدایی با اینکه بسیار ارزشمند، بسیار ارزشمند بودند و هستند، با رفتن شهدا، در عین حال که ما متأثر هستیم، لکن چون ما توجهمان به خداست و برای خداست و ملت ما برای خدا قیام کرده است، با رفتن اشخاص، هیچ سستی به خودشان راه نمی‏دهند و گرفتار این خطا نیستند که افراد یک مسئله‏ای را ایجاد می‏کنند.
 
و گمان نکنید که اینها از روی قدرت یک همچو کارهایی را انجام می‏دهند، یک بمب در یک جا منفجر کردن، یک بچه دوازده ساله هم می‏تواند او را بگیرد یک جایی بگذارد و خود او منفجر بشود. این قدرتی نیست، این کمال ضعف است. من ابن ‏ملجم را از اینها مردتر می‏دانم؛ برای اینکه او آمد در حضور مردم، کار خودش را کرد و خداوند او را لعنت کند. و اینها آن مردانگی آن نامرد را هم ندارند و به طور دزدی یک کاری انجام می‏دهند و خودشان را اصلاً ظاهر نمی‏کنند. من آن عباس آقا که صدراعظم ایران را در نزدیک مجلس با هفت تیر زد در حضور همه و خودش را بعد هم دید گرفتار می‏شود، کشت او را مرد می‏دانم و اینها را نامرد. اینهایی که از اینجا فرار کردند و از خارج دستور می‏دهند که مردم را اغتیال کنند و به طور دزدکی بکشند، اینها تز نامردهاست.
 
ملت ما از این شهادتها بسیار دیده است و در این چند سال اخیر، صدها شهید داده و هزاران شهید و هزاران معلول و پایدار ایستاده است و امثال این آقایان که شهید شده‏اند، در عین حال که در نظر ما بسیار ارجمند هستند، لکن آنها پیش خدا رفتند و ما به جای آنها، اشخاصی داریم مکتبی؛ انسانهایی که به شهادت فکر می‏کنند و داوطلب شهادت هستند.
والسلام علیکم و رحمة الله‏ وبرکاته
 

کابینه شهید محمدعلی رجایی در دیدار با امام خمینی