آنچه در پی می‌آید روایت ضرب و شتم عالم ربانی زنده‌یاد آیت‌الله حاج شیخ محمدتقی بافقی به دست رضاخان در پی انجام فریضه امر به معروف و نهی از منکر توسط اوست. او در بادی جزوه، خویش را «محمد بن عبدالله بروجردی» خوانده که مسلما این نام مستعار و برای در امان ماندن از پیامدهای ذکر دقیق این خاطره انتخاب شده است.

...همان‌گونه که در تواریخ آمده است رضاخان برای معمم شدن طلاب شرط امتحان گذارد که در واقع نوعی تضییق و مزاحمت به‌شمار می‌رفت. امتحانات به موقع و به تصدی ادارات فرهنگ برگزار می‌شد و آنانی که در امتحان قبول می‌شدند، حق پوشیدن لباس روحانیت را داشتند، و الا باید متحدالشکل شوند و از نظام وظیفه هم معاف بودند تا آخر تحصیل که باید به دانشکده افسری می‌رفتند، ولکن در اواخر فشار دولت، این تضییقات بیشتر شد و فقط کسی که تمام کلاس‌ها را امتحان داده و امتحان کلاس تخصص را هم داده و قبول شده بود، می‌توانست معمم باشد. فقط ما هم مشغول تحصیل طبق برنامه بودیم.
 
در این سال‌ها فشار بر محصلین زیاد بود و دستگاه شهربانی از هیچ‌گونه آزار و اذیتی کوتاهی نمی‌کرد. برخی از مردم هم در این آزارها سهیم بودند و غالبا رانندگان اتومبیل‌ها معممین را سوار نمی‌کردند و بعضی از گاراژها هم به طریق دیگر اذیت می‌‌کردند! کم‌کم فشار دولت زیاد شد و طلاب هم سرسختی بیشتری نشان دادند. علاوه بر سیاست کلی دولت که هدفش نابودی روحانیت بود، بعضی موجبات دیگر هم مثل قضیه سربازگیری موجب اجتماع علما در قم شد.
 
داستان حضور همسر رضاخان در حرم حضرت معصومه(س) که برای تحویل حمل به قم آمدند و موقع تحویل در حرم مشرف شدند و در آن سال، شب تحویل حمل شد. مرحوم آشیخ محمدتقی بافقی یزدی شب‌ها در مسجد بالاسر که فعلا وسیع شده است، به دیوار تکیه می‌داد و مدتی موعظه می‌کرد. در آن شب به او گفتند: شهبانو بدون حجاب در غرفه‌ای بالای حرم است. شیخ این معنی را تذکر داده بود که اینجا حرم ائمه است و نباید زنی بدون حجاب باشد. گوینده این خبر، شیخ سیدی بود به نام ناظم که قبلا ناظم اداره پست قم بود و بعد آمد و طلبه شد و از یاران بسیار نزدیک مرحوم آشیخ محمدتقی و در زندگی دنباله‌روی او شد.
 
مرحوم آشیخ محمدتقی که متصدی تعیین حقوق طلبه‌ها و دادن لباس در دو فصل اول بهار و اول پاییز بود، مشرب خاصی داشت. از پوشیدن لباس خارجی، خوردن اغذیه و مشروباتی که از خارج می‌آمد یا در ایران از آن شربت یا غذایی درست می‌شد، اجتناب می‌کرد.
 
بعضی بعدا گفتند این سید از عوامل خود دستگاه بود که می‌خواستند کاری انجام شود، ولکن نمی‌دانم تا چه اندازه صحیح است که: حوزه علمیه قم را به بهانه‌ای منحل کنند. در چند روز بعد طرف عصر که مرحوم شیخ محمدتقی به مدرسه آمد، طلاب تهرانی دورش را گرفتند که امشب برای گرفتن شما مأموری به قم می‌آید و شما امشب برای موعظه به مسجد بالاسر نروید. شیخ قبول نکرد و بعد از بحث زیادی فرمود: استخاره می‌کنم و استخاره خوب آمد. طلاب دیگر نتوانستند مانع ایشان شوند. خوبی استخاره بعد معلوم شد که پس از گرفتن ایشان و سکوت مرحوم آیت‌الله حائری، بهانه برای انحلال حوزه به دست دولت نیفتاد و حوزه علمیه قم باقی ماند.
 
به‌هرحال در آن شب‌ها، ما برای استماع فرمایشات شیخ به مسجد بالاسر می‌رفتیم. آن شب هم بر حسب معمول رفتیم، لکن به‌واسطه عروض‌ درد دل ناگهانی، ناچار به سوی منزل که در کوچه حرم بود روانه شدیم، ولی به یکی از آشنایان خرم‌آبادی به نام آقا سید عبدالله سفارش کردیم که: شما اینجا باشید تا برمی‌گردم و هنوز در منزل استراحتی نکرده بودیم که صدای الله‌اکبر از حرم و صحن بلند شد! با کمال شتاب برگشتیم. در جنوبی بسته بود. به طرف در صحن کهنه که به کوچه حرم باز می‌شد رفتم. در بسته بود. ناچار به طرف در شرقی صحن نو رفتم. آن هم مسدود بود، ولکن جمعیت روی قبرستان که فعلا میدان و باغ ملی است، زیاد بود. با هر فشاری که بود تا نزدیک در شمالی صحن نو جلو رفتم. بعد از مدتی شاه پیاده از صحن بیرون می‌آمد درحالی‌که جلویش یک لاله از لاله‌های حرم را می‌بردند. شاه به طرف خانه تولیت رفت. معلوم شد شاه عصر با قشون و توپ و توپخانه مفصل به قم آمده است و نظامی‌ها بیرون شهر منتظر مانده‌اند و شاه با عده مخصوص خود که یکی از آنها تیمورتاش بود، به صحن آمد و از طرف ایوان طلا با چکمه وارد حرم شد. ابتدا چهلچراغ رواق را با نوک شمشیر شکست و بعد وارد حرم شد. مردم هم فرار کردند. بعد به طرف مسجد بالاسر رفت و پرسید: آشیخ محمدتقی کدام است؟ شیخی را به او نشان دادند که سر پا ایستاده و به دیوار تکیه داده بود. لباس شیخ از عمامه گرفته تا عبا، قبا، پیراهن و شلوارش از کرباس و مشغول موعظه بود. از قراری که گفتند. شاه با تعجب به او نگاه کرد. آیا چنین کسی با این وضع توانسته است به شهبانوی او جسارت کند؟ بعد از مدتی تعجب سیلی به صورت شیخ زد و ناسزا گفت و امر به بردن او کرد. شیخ به او گفت: هر چه می‌خواهی بکن، نه تو از هارون کمتری و نه من از موسی بن جعفر(ع) بالاتر و نه حرم دختر موسی بن جعفر(ع) از حرم پیغمبر(ص) بالاتر؛ من به تکلیف خود عمل کردم. بعد از ضرب و شتم شیخ، سراغ آقای ناظم را گرفتند که ناظم فرار کرده بود و دیگر او را ندیدیم.
 
همان شب و صبح روز بعد، از طرف مرحوم آیت‌الله حائری به تمام کسبه و طلاب دستور داده شد همه بر سر کار خود حاضر شوند و موضوع را مسکوت بگذارند و فردا هم مردم به همین طریق عمل کردند. جز یک نفر پینه‌دوز در مسجد امام حسن(ع) کسی تعطیل نکرد و شاید صلاح هم در همین بود؛ چون دولت در باغ سبزی به مردم نشان داده و تبلیغات دامنه‌داری را علیه روحانیت شروع و انزجار و تفرقه بین مردم و روحانیت ایجاد کرده بود. تمام همت دولت این بود که بهانه‌ای به دست آورد تا حوزه علمیه را تار و مار کند. لکن مرحوم شیخ با اقدام دوراندیشانه‌اش توطئه دولت را خنثی کرد و حوزه سالم ماند. لکن فشار دولت روز به روز شدید می‌شد و در امتحانات سختگیری شروع شد. همچنین راجع به نظام وظیفه اواخر طلبه‌ها را دسته‌‌جمعی به شهربانی می‌بردند و آنها هم مبارزه منفی می‌کردند. هر چه از آنها سؤال می‌شد جز سکوت پاسخ دیگری از آنها نمی‌شنیدند.
 
طلبه‌ها را دسته‌جمعی شش نفر، شش نفر با یک کارآگاه و دو پاسبان به شهربانی می‌بردند. به اندازه‌ای از طلبه‌ها بردند که حیاط بسیار وسیع شهربانی پر شد. طلاب همان جا به مطالعه و مباحثه پرداختند. طلاب مشمول در اثر این فشار بین‌الطلوعین از در پشت مدرسه فیضیه و دارالشفاء به رودخانه می‌رفتند و تا غروب در باغ‌های آن طرف رودخانه که فعلا به خانه تبدیل شده است مخفی می‌شدند. به‌هرروی، دوران دشواری برحوزه قم گذشت...