سحرگاه 15 ذی القعده 1263 موقع نماز نافله صبح هنگامی که شیخ در محراب مسجد خود در حال سجده بود، نخست با شمشیر بر فرق او زدند، وی سر خود را با ندای «فزت ورب الکعبة» بلند کرد و مهاجم دوم با نیزه بر دهان مبارک او زد و او را با هشت ضربه شمشیر و نیزه مجروح ساختند و دو روز بعد یعنی 17 ذی القعده بر اثر جراحات وارده به شهادت رسید. به راستی شهید ثالث که بود و چرا این گونه مورد حمله خفاشانی قرار گرفت که تاب دیدن نور رستگاری را نداشتند؟ شهید ثالث چه ناحق و ناصوابی را روشن کرده بود، یا اینکه با چه صاحبان قدرتی درگیر شده بود که مانند مولایش حضرت امیر المومنین (ع) در محراب به شهادت رسید؟ از حوادث برجسته و مهم دوران زندگی شهید ثالث شکل گیری دو جریان بود که نخستین آن در جزیرة العرب جنبش وهابیگری بود. دیگری جریان شیخیه و در ادامه بابیه بود. و جریان سومی را هم می‌توان نام برد و آن دربار ایران بود. شهید ثالث، شیخ محمدتقی برغانی در سال 1180 قمری در برغان به دنیا آمد وی از نوادگان شیخ محمدکاظم طالقانی از استوانه‌های علم و دین و مرجع بزرگ تقلید بود. در راه تحصیل علوم دینی، پس از کسب فیض از پدر راهی قزوین شد، سپس در حوزه‌های قم، خراسان و اصفهان تلمذ کرد و در نهایت به کربلا رفت و به درجه اجتهاد نائل آمد و از خواص صاحب کشف الغطاء بود.
 
جنگ اول ایران و روسیه که منجر به معاهده ننگین گلستان شد و تعدادی از ولایات ایران به روسیه بخشیده شد، خشم وطن پرستان و روحانیون را برانگیخت. شهید ثالث و برادرش شیخ محمدصالح علیه دربار قاجار قیام نمودند که منجر به تبعید شهید ثالث و برادرانش به عراق گشت. در سال 1206 قمری که شهید ثالث در کربلا اقامت داشت سعد ابن عبدالعزیز وهابی در رأس سپاهی بزرگ به شهر مقدس کربلا، آستان حسینی (جهت تخریب آن) حمله ور شد.شهید ثالث با گردآوری جوانان غیور کربلا به مبارزه با وهابیگری پرداخت. دومین جریان شیخیه است که بر اساس افکار شیخ احمد ابن زیدالدین آل سقر احسائی (1166 ـ 1241 ق) از علمای غالی مشرب شیعه که اندیشه و نظریه نسبت دادن صفات الهی به ائمه داشت پی ریزی شد. شیخ احمد احسائی مؤسس فرقه که ایران را زمینه و مکان مناسبی برای نشر اندیشه و افکار غلوآمیز خود یافته بود به ایران مهاجرت کرد. وی روابط صمیمانه‌ای با فتحعلی شاه داشت به صورتی که حقوق و مستمری از طرف شاه دریافت می‌نمود. شیخ احمد احسائی به قزوین رفت و در مدرسه صالحیه مشغول تدوین آراء و اندیشه فلسفی ـ کلامی خود گشت. در این سالها که شهید ثالث به اتفاق برادرش با وساطت علما نزد شاه قاجار به ایران آمده بود (البته فتحعلی شاه به خاطر ترس از قیام اجازه حضور در تهران را به آنها نداد و راهی قزوین گشتند). مراکز علمی شیعه و علمای بزرگ به علت حمایت دربار از شیخ احمد احسائی مخالفتهای خود را با احتیاط مطرح می‌کردند. اما نخستین مخالفت آشکار از جانب شهید صورت گرفت. پس از تعیین وقت برای مناظره و دعوت از علمای فریقین و آغاز مناظره، شهید ثالث و دیگر علمای فلسفه الهی و حدیث و فقاهت کوشیدند تا شیخ احمد احسائی را قانع کنند، اما وی مانع نشد و به نظر و رأی خود اصرار ورزید، با دیدن این وضع شهید ثالث حکم به تکفیر شیخ احمد احسائی داد. فقهای امامیه شهید ثالث را به عنوان رئیس العلما و شیعه تصدیق کردند و تمامی علمای ایران و عراق و سایر مراکز شیعه، حتی در زادگاه شیخ احمد احسائی تا عصر حاضر از این فتوا پیروی می‌کنند. پس از درگذشت شیخ احمد احسائی در سال 1241 قمری جانشین او سید کاظم رشتی نیز مورد طعن شهید ثالث قرار گرفت. پس از درگذشت سید کاظم رشتی، سید محمدعلی باب شاگرد سید کاظم رشتی مذهب ناصواب بابیه را بنیان نهاد. شیخ آقا بزرگ تهرانی در کتاب طبقات اعلام الشیعه قیام شهید ثالث را در مبارزه علیه بابیان به تفصیل بیان کرده است. بدیهی است یک همچون شخصیت مبارزی که جز حق و کلمه خدا را نمی‌دید مورد خشم دربار قاجار، وهابیه، و شیخیه و بابیه قرار بگیرد و جهت جلوگیری از بر ملا شدن کارها و اعتقادات ناصوابشان بخواهند نور خداوند را خاموش کنند. در حالی که خداوند متعال نورش را بر پهنه عالم می‌گستراند هر چند که مشرکان ناخشنود شوند.
 
پی نوشت: