محمدرضا مهدوی ‌کنی (باقری) در 14 مرداد 1310 در روستای کن از توابع تهران به دنیا آمد. پدرش اسدالله و مادرش فاطمه نام داشت. پدر وی کشاورزی بود که گه‌گاه نیز به کار بازار می‌پرداخت.
 
مهدوی‌ کنی دارای چهار برادر و سه خواهر بود که خود کوچکترین فرزند ذکور خانواده بود. وی تحصیلات دوره دبستان را در کن گذراند و در سال 1324 به مدت دوسال و نیم در مدرسه لرزاده و سپس در مدرسه سپهسالار به تحصیل پرداخت و از محضر اساتیدی چون حجت‌الاسلام علی‌اکبر برهان بهره‌مند شد. وی در سال 1327 برای تکمیل تحصیلات علوم دینی به قم رفت و وارد مدرسه فیضیه و حجتیه شد. از اساتید ایشان باید از مرحوم آیت‌الله صدرالدین صدر، آیت‌الله سید محمد حجت و آیت‌الله احمد خوانساری نام برد.
 
مهدوی‌ کنی هنگام تحصیل در حوزه به همراه تعدادی از طلاب از جمله آیت‌الله محمدی‌ گیلانی و آیت‌الله آقا شیخ محمود در سال 1327تشکلی به نام «مجمع سیاسی» تشکیل داد که زیربنای فعالیتهای سیاسی او شد که هدف آن تحول در وضعیت درسی و وارد کردن حوزه به مسائل سیاسی بود. 1
 
آیت‌الله مهدوی‌ کنی در سال 1328 با دختر مرحوم آیت‌الله حاج شیخ زین‌العابدین سرخه‌ای ازدواج کرد که حاصل آن دو دختر و یک پسر بود. در سال 1340 پس از اتمام تحصیلات و اخذ درجه اجتهاد، به تهران عزیمت کرد و امامت جماعت مسجد جلیلی را عهده‌دار شد و همزمان در مدرسه مروی به تدریس پرداخت. در پی قیام 15 خرداد سال 1342 و تبعید امام، مسجد جلیلی به کانونی برای فعالیتهای سیاسی مبدل شد. 2 ایشان از مبارزان نهضت امام خمینی بود و بارها در این راه دستگیر و زندانی شد. آیت‌الله مهدوی‌ کنی در این رابطه می‌گوید: «شب 23 رمضان 1353بود که در مسجد جلیلی مشغول مراسم احیا بودم  که مرا به کلانتری احضار و بعد از آن به بوکان کردستان تبعید نمودند و پس از گذشت سه ماه مجدداً از آنجا به مهاباد و بعد راهی تهران کردند».
 
وی بار دیگر در سال 1354 به اتهام اقدام علیه امنیت کشور به چهار سال زندان محکوم شد و سپس ممنوع‌الخروج گردید. 3 بنابه اظهار آیت‌الله اکبر هاشمی ‌رفسنجانی هنگامی که وی در بازداشت بود، شهید فضل‌الله محلاتی نزد آیت‌الله پسندیده برادر امام خمینی رفت و برای مهدوی‌ کنی اجازه اخذ سهم امام را گرفت و او از همین منبع در دوران خفقان از خانواده‌های زندانیان سیاسی حمایت می‌کرد و آنها را تحت پوشش مالی قرار می‌داد. آیت‌الله پسندیده در این زمان وکالت امام را در امور شرعی برعهده داشت. 4 مدتی پس از هجرت امام خمینی به پاریس در آذر ماه 1357 هسته اولیه شورای ‌انقلاب  تشکیل شد که اعضای آن عبارت بودند از: آیت‌الله مطهری، آیت‌الله هاشمی ‌رفسنجانی، آیت‌الله موسوی ‌اردبیلی، آیت‌الله بهشتی و شهید محمدجواد باهنر که بعدها آیت‌الله مهدوی ‌کنی، و آیت‌الله خامنه‌ای و آیت‌الله طالقانی و مهندس بازرگان و آقای سحابی نیز به آن پیوستند. 5
 
پس از پیروزی انقلاب ‌اسلامی، ایشان در آبان ماه 1358 در کابینه ترمیمی مهندس بازرگان مشاور وزیر کشور مهندس هاشم صباغیان شد. در کابینه محمدعلی رجایی در شهریور 1359وزیر کشور بود و پس از آنکه در 8 شهریور 1360 رجایی رئیس‌جمهور و باهنر نخست‌وزیر به شهادت رسیدند، شورای موقت ریاست جمهوری زمام امور دولت را به ایشان سپرد. آیت‌الله مهدوی ‌کنی در 11 شهریور 1360 از مجلس رأی اعتماد گرفت. کابینه وی موظف شد که انتخابات ریاست جمهوری را در اولین فرصت برگزار نماید. این کابینه 45 روز بیشتر دوام نداشت و در 26 مهر ماه 1360 وی استعفای خود را به آیت‌الله خامنه‌ای رئیس‌جمهور وقت داد.
 
آیت‌الله مهدوی در 2 بهمن 1360 به فرمان امام ‌خمینی به عضویت ستاد انقلاب ‌فرهنگی منصوب شد و در 21 اسفند 1360 مجدداً طی حکمی از طرف امام در شورای ‌نگهبان عضویت یافت. 6 ایشان از سال 1361 همزمان با تأسیس دانشگاه امام ‌صادق (ع) عهده‌دار ریاست این دانشگاه شد. و کماکان در این سمت باقی است. 7 آیت‌الله مهدوی ‌کنی یکی از اعضای برجسته جامعه روحانیت مبارز می‌باشد. امام درباره ایشان فرموده بود که «ما به ایشان ارادت داشته‌ایم، داریم و خواهیم داشت». که این خود گویای موقعیت ایشان در پیشبرد اهداف نظام می‌باشد. 8