آیتالله سیدمحمدباقر صدر در همان روزهای نخستین، با انتشار فتوایی پیوستن به حزب بعث را حرام اعلام کرد و عملا مخالفت خود با حکومت موجود در عراق را اعلام کرد. در پی این فتوا، حزب بعث به صورت گسترده اقدام به دستگیری، شکنجه و اعدام بسیاری از علمای شیعه در عراق نمود.