انتخاب خواف به عنوان تبعیدگاه مدرس به این سبب بود که «اهالی آنجا سنیمذهب بودند و چندان حساسیتی نسبت به زندانی بودن مجتهدی شیعی در دیارشان نداشتند. افزون بر این، امکان برقراری ارتباط میان خواف و پایتخت به آسانی ممکن نبود». مدرس در خواف در قلعهای نظامی زندانی شد و تحت نظر شدید مأموران امنیتی قرار گرفت و ممنوعالملاقات شد