پایگاه اطلاعرسانی پژوهشکده تاریخ معاصر؛ به دنبال آغاز جنگ اعراب و اسرائیل در حوزههای علمیه نجف و قم و مشهد و در محافل روحانی جنبوجوشهایی بهوجود آمد. آیتالله العظمی میلانی، از مراجع تقلید، طی فتوایی درباره معامله و مراوده با یهودیان تصریح کردند:
«بر همه مسلمانان لازم است از هرگونه معامله و رفتار دوستانه با اسرائیلیان خودداری نمایند و نیز لازم است نسبت به برادران مسلمان مصیبتدیده از هر نوع مساعدت مادی و معنوی دریغ ننمایند... و بسیار مقتضی است اقامه مجالس یادبود برای لشکریان اسلام که در این جنگ تا آخرین نفس مقاومت کردند و با کمال شهامت از حدود و ثغور کشورهای اسلامی و مسجد اقصی دفاع نمودند. البته نام نیک خود را در تاریخ ثبت نمودند...».
[1]
تیمسار بهرامی، رئیس ساواک خراسان، چنان از این فتوا عصبانی بود که نماینده آیتالله میلانی را فرا خواند و هر چه از دهنش آمد گفت. بخشهایی از این سند را بازخوانی میکنیم:
«طبق اطلاع از آقای میلانی درباره اعراب و اسرائیل جواب فتوایی در تهران بهصورت فتوکپی چاپ شده و منتشر گردیده. این کار موجب عصبانیت شدید رئیس ساواک از میلانی گردید. شیخ رضا نوغانی واعظ از طرف میلانی با ریاست ساواک خراسان مذاکره که این ناراحتی برطرف شود. ایشان در جواب گفتهاند... انتظار نداشتم در این موقعیت حساس با شرایط آرام کشور ایشان چنین کاری بکنند... بنابراین من هیچ ارفاق نمیکنم نسبت به خودش و پسرش سیدمحمدعلی، که پرونده در دادگاه نظامی دارد. دستور تعقیب میدهم تا بدانند ما نوکر افراد نیستیم و نوکر شاه مملکت هستیم. چون برای خدمت به مردم آمدیم، نمیگذارم بدون جهت افرادی به خواسته خود تشنج ایجاد کنند یا علیه مصالح چیزی بگویند یا منتشر کنند و ما با میلانی هم حساب خود را بستیم و دیگر هیچکدام از شما به ما مراجعه نکنید».
فتوای آیتالله میلانی در حمایت از مسلمانان چنان بر ساواک سنگین آمده بود که آنها مرجعیت شیعه را تهدید کردند که فرزندش را بازداشت و محاکمه میکنند و نوبت به خود او هم خواهد رسید و بازجویی خواهد شد مگر اینکه اسامی استفتاکنندهها به ساواک اعلام شود!