پس از قیام گوهرشاد دو عالم بزرگ خراسان که اداره امور علمی حوزه مشهد را در اختیار داشتند، یعنی مرحوم آیتالله سیدحسین قمی و مرحوم آقامیرزا محمد آقازاده از مشهد تبعید و جمعی دیگر از علمای معروف این شهر از جمله آیات سیدیونس اردبیلی و شیخ هاشم قزوینی و... دستگیر و به زندانها روانه گشتند...