مبارزات آیتالله فلسفی در مقابله با فرقه بهائیت به قدری بود که شور خاصی در مردم برای مقابله با این فرقه ایجاد کرد. به نحوی که شاه مجبور شد برای یک دوره نه ماه پزشک بهائی خود، دکتر ایادی را از کشور خارج کند و دستور تخریب حظیرهالقدس، مرکز تبلیغات بهائیان در خیابان حافظ تهران را صادر نماید.